| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,446,999 | C→T | intergenic (‑68/‑268) | mntH ← / → nupC | manganese transport protein MntH/nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,446,999 | 0 | C | T | 97.4% | 140.7 / ‑3.7 | 38 | intergenic (‑68/‑268) | mntH/nupC | manganese transport protein MntH/nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (21/16); total (22/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAT > REL606/2446929‑2447069 | cATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCCATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTNTCAAAtttattta > 2:1101759/1‑76 (MQ=255) aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTaa > 2:284812/1‑76 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATg > 1:312901/1‑76 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATgg > 1:218650/1‑76 (MQ=255) tatgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATgg > 1:218672/3‑76 (MQ=255) tgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGt > 2:858355/1‑76 (MQ=255) gCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGtt < 2:825918/76‑1 (MQ=255) gCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGtt > 2:64921/1‑76 (MQ=255) gCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGtt < 2:1081724/76‑1 (MQ=255) ccTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTNCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTtg > 1:1205990/1‑76 (MQ=255) tctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTtgtg < 2:1123166/76‑1 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTgtggtg > 2:915597/1‑76 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGa < 1:751477/76‑1 (MQ=255) cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGAttt > 1:714190/1‑76 (MQ=255) cANAGCATTTGATATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTATATGGGTTGTGGTGAttt < 2:1145326/76‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCttt < 1:646520/76‑1 (MQ=255) ccTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTg < 1:389432/76‑1 (MQ=255) cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGa < 2:863060/76‑1 (MQ=255) tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGAt < 1:163866/76‑1 (MQ=255) tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGAt > 2:750301/1‑76 (MQ=255) tATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGAcc > 2:963367/1‑76 (MQ=255) tATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGAcc > 2:567887/1‑76 (MQ=255) tGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATg > 1:307330/1‑76 (MQ=255) gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGa > 1:133547/1‑76 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTa > 2:83916/1‑76 (MQ=255) ccAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGa > 1:168505/1‑76 (MQ=255) aaaCGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGaaa > 1:723315/1‑76 (MQ=255) aCGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAg > 1:511427/1‑76 (MQ=255) agaATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGAtt < 2:901442/76‑1 (MQ=255) agaATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTACGACTACGAAAAGAtt > 2:680231/1‑76 (MQ=255) agaATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTACGACTACGAAAAGAtt > 2:680238/1‑76 (MQ=255) tactGATTATCAANTTTATTTAAACGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtg < 1:161923/73‑1 (MQ=255) aaTGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtga < 2:313758/76‑1 (MQ=255) aaTGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtga < 2:313750/76‑1 (MQ=255) aTGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtgat < 1:169391/76‑1 (MQ=255) gATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtgatga < 1:106/76‑1 (MQ=255) ttATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACt > 2:339074/1‑76 (MQ=255) tATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACtt > 2:488033/1‑76 (MQ=255) aTCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTg < 1:458578/76‑1 (MQ=255) aaaTTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAt < 2:935349/76‑1 (MQ=255) | CATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAT > REL606/2446929‑2447069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |