| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | REL606 | 3893609–3894994 | 3901930 | 6937–8322 | 20 [16] | [0] 58 | [insJ‑5]–[yieO] | [insJ‑5],insK‑5,rbsD,rbsA,rbsC,rbsB,rbsK,rbsR,[yieO] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3652533 | NA (NA) | 54 (1.020) | 33/146 | 0.4 | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | REL606 | 3901931 = | 0 (0.000) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system | |||||
ATTGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAAA > REL606/3901856‑3902006 | tctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag < 1:922241‑M2/1‑1 (MQ=255) gactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt > 1:272724‑M2/73‑76 (MQ=255) actccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTg < 2:1594258‑M2/5‑1 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc > 1:795061‑M2/71‑76 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa > 1:1111507‑M2/68‑76 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa > 1:26221‑M2/68‑76 (MQ=255) aattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAg < 1:371142‑M2/10‑1 (MQ=255) ttgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt > 1:1042075‑M2/65‑76 (MQ=255) ttgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt > 1:570947‑M2/65‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 1:678465‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 1:1305386‑M2/64‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 1:1355226‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 2:1211744‑M2/64‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 2:1404827‑M2/13‑1 (MQ=255) gaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGa > 1:1001049‑M2/63‑76 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc < 1:513066‑M2/16‑1 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc < 2:1491307‑M2/16‑1 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 1:1268484‑M2/20‑1 (MQ=255) atcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc > 1:1186118‑M2/53‑76 (MQ=255) tcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg < 2:543698‑M2/25‑1 (MQ=255) agacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc > 1:1532533‑M2/50‑76 (MQ=255) cctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg > 1:484410‑M2/47‑76 (MQ=255) gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaa > 1:1581866‑M2/35‑76 (MQ=255) gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaa > 1:92034‑M2/35‑76 (MQ=255) ttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAAtt > 2:308557‑M2/31‑76 (MQ=255) taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTg > 2:1022839‑M2/30‑76 (MQ=255) taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTg > 1:747639‑M2/30‑76 (MQ=255) aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTgg > 2:528094‑M2/29‑76 (MQ=255) aactgtccaactttttgaggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTgg > 2:511558‑M2/29‑76 (MQ=255) aactgtccaactttttgaggtcagtacaCGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTgg > 2:1592265‑M2/29‑76 (MQ=255) gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGCCCCGCACGCCGCCAAGCACGCTGCCTACAATTGGcccc > 1:310870‑M2/25‑76 (MQ=255) gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGcccc > 1:310861‑M2/25‑76 (MQ=255) tccagctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCcca < 2:327946‑M2/53‑1 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac < 2:906629‑M2/54‑1 (MQ=255) caactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacc > 1:993607‑M2/22‑76 (MQ=255) aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacca < 2:1654264‑M2/56‑1 (MQ=255) aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacca < 2:1699996‑M2/56‑1 (MQ=255) actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAg < 2:36357‑M2/57‑1 (MQ=255) actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAg < 1:862911‑M2/57‑1 (MQ=255) actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAg < 1:236561‑M2/57‑1 (MQ=255) tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAc < 1:1160902‑M2/59‑1 (MQ=255) tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAc < 1:172555‑M2/59‑1 (MQ=255) tttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAccc > 2:866954‑M2/16‑76 (MQ=255) tggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCgg > 2:782746‑M2/14‑76 (MQ=255) tggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCgg > 1:1544124‑M2/14‑76 (MQ=255) gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATg < 2:969532‑M2/67‑1 (MQ=255) gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATg < 2:1359570‑M2/67‑1 (MQ=255) gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATg < 2:1542589‑M2/67‑1 (MQ=255) tcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATgg < 2:415474‑M2/68‑1 (MQ=255) gtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGa < 2:312942‑M2/71‑1 (MQ=255) acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACa < 2:339175‑M2/73‑1 (MQ=255) acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACa < 1:1600592‑M2/73‑1 (MQ=255) acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACa < 1:459932‑M2/73‑1 (MQ=255) acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACa > 1:658823‑M2/4‑76 (MQ=255) caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaa > 1:1583450‑M2/3‑76 (MQ=255) caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaa > 2:1534475‑M2/3‑76 (MQ=255) aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGCACCGGCATGGCGACaaa > 2:212371‑M2/2‑76 (MQ=255) ggTTGCCCAGGTGACCAGTACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaaaa < 1:126223/76‑1 (MQ=255) | ATTGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAAA > REL606/3901856‑3902006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |