| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 60 (1.160) | 47/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 45 (0.870) | 36/144 | 0.4 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524453‑4524602 | atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 1:1323217‑M2/70‑76 (MQ=255) ttCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc < 1:203249‑M2/76‑3 (MQ=255) cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATCNTGCAACCGGGGCCGCAAccca < 2:270428‑M2/76‑5 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 1:759120‑M2/1‑71 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgtttatgggCCGCAACCCCgg > 1:132007‑M2/65‑76 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 1:675922‑M2/65‑76 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:1557378‑M2/1‑69 (MQ=255) taacgaggcgccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaaggtagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 2:701273‑M2/14‑1 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt > 2:500783‑M2/63‑76 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 2:785166‑M2/1‑68 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 2:1515505‑M2/1‑68 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 1:1583697‑M2/1‑67 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCccgggag > 2:1248469‑M2/62‑74 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtg > 2:1248468‑M2/62‑76 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct < 1:1349175‑M2/76‑13 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 2:330338‑M2/1‑63 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 1:1572798‑M2/1‑63 (MQ=255) aggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctgc > 2:1595220‑M2/58‑76 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact > 1:1573068‑M2/1‑60 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 1:1428071‑M2/76‑18 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt < 1:1188396‑M2/76‑18 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt < 1:398829‑M2/23‑1 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt > 2:1424947‑M2/54‑76 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt > 1:662834‑M2/54‑76 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:560707‑M2/76‑20 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:340396‑M2/76‑20 (MQ=255) tAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctcacttacg < 2:1076256‑M2/76‑21 (MQ=255) gaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCg > 2:380866‑M2/51‑76 (MQ=255) aaCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagg > 1:995287‑M2/1‑55 (MQ=255) aCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggg < 2:1266459‑M2/76‑23 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:763812‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 2:24094‑M2/29‑1 (MQ=255) gAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg < 1:267394‑M2/76‑26 (MQ=255) gAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg > 2:1563189‑M2/1‑51 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 1:562870‑M2/32‑1 (MQ=255) aaCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgt > 2:1461882‑M2/1‑50 (MQ=255) aaCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgt > 1:512960‑M2/1‑50 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 1:1527367‑M2/76‑31 (MQ=255) ttcttcagatgtttcaacccgtaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:243819‑M2/37‑1 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 1:1520205‑M2/37‑1 (MQ=255) aTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtat > 2:351251‑M2/1‑45 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctcacttaaggggtgtgggattc < 1:940281‑M2/76‑34 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa > 2:387366‑M2/37‑76 (MQ=255) ccATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattac > 1:1009911‑M2/1‑42 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg > 1:337292‑M2/36‑76 (MQ=255) aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc < 1:945437‑M2/76‑37 (MQ=255) agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGt > 2:1135772‑M2/34‑76 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 2:1222094‑M2/1‑38 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt < 2:1670357‑M2/44‑1 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa < 1:1549856‑M2/46‑1 (MQ=255) ggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAg > 2:466997‑M2/30‑76 (MQ=255) gttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGt < 1:353252‑M2/48‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat < 1:1218493‑M2/76‑44 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 1:814848‑M2/1‑32 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc < 1:696759‑M2/51‑1 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc > 2:643171‑M2/26‑76 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa < 1:1653733‑M2/52‑1 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatt > 1:1262712‑M2/1‑29 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 2:653545‑M2/1‑28 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 2:1372501‑M2/1‑27 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 1:494928‑M2/1‑27 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 2:586712‑M2/55‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 1:1177811‑M2/1‑26 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 1:463834‑M2/20‑76 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAcc > 1:455394‑M2/19‑76 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg > 1:383698‑M2/1‑24 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 1:979108‑M2/76‑53 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacat < 1:981894‑M2/76‑54 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 2:307718‑M2/1‑22 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 1:444583‑M2/76‑55 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 1:606438‑M2/76‑55 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 2:583387‑M2/60‑1 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 2:915739‑M2/60‑1 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAc < 1:833165‑M2/61‑1 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 2:1393445‑M2/76‑62 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 2:1558322‑M2/1‑15 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 1:556654‑M2/69‑1 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 1:1520735‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 2:1455291‑M2/69‑1 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt > 2:425368‑M2/1‑12 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccagaagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt > 1:334652‑M2/1‑12 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta < 2:973115‑M2/76‑66 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 1:537349‑M2/1‑11 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAg > 1:1617141‑M2/6‑76 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg < 1:698231‑M2/72‑1 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac > 2:1585135‑M2/1‑10 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac < 1:484352‑M2/76‑67 (MQ=255) gggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattact < 1:1289339‑M2/76‑68 (MQ=255) gggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattact < 2:1233051‑M2/76‑68 (MQ=255) ggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactc > 1:303988‑M2/1‑8 (MQ=255) gCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAc < 1:321900‑M2/75‑1 (MQ=255) cGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGt < 1:525899/76‑1 (MQ=255) gCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcac < 1:552345‑M2/76‑73 (MQ=255) cAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCa > 1:94783/1‑76 (MQ=255) cAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCa > 1:713793/1‑76 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga < 1:1112252‑M2/76‑75 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga < 2:546325‑M2/76‑75 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga < 2:1342101‑M2/76‑75 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:299862/1‑76 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgat > 1:1334569‑M2/1‑1 (MQ=255) | GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524453‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |