| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,886,204 | G→A | intergenic (‑34/+635) | yobF ← / ← yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,886,204 | 0 | G | A | 97.1% | 257.3 / ‑1.9 | 68 | intergenic (‑34/+635) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (30/36); total (32/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276 | cgtGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTAtt < 1:305541/76‑1 (MQ=255) gtgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTa > 1:575302/1‑76 (MQ=255) tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCtattat < 2:27770/76‑1 (MQ=255) tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCtattat > 2:407999/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 2:337175/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 2:690938/1‑76 (MQ=255) ttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATcac > 2:1104352/1‑76 (MQ=255) aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACAt < 1:1021504/76‑1 (MQ=255) cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 1:1157518/76‑1 (MQ=255) cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 1:5589/76‑1 (MQ=255) tCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAc < 2:14397/76‑1 (MQ=255) cAGGACTTCTTTACTGAAAATNACACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa < 2:273553/76‑1 (MQ=255) cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAcn < 1:1427573/76‑2 (MQ=255) cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa > 2:171341/1‑76 (MQ=255) aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa > 2:50529/1‑76 (MQ=255) ggACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAAc > 2:1163383/1‑76 (MQ=255) gACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACg < 2:90916/76‑1 (MQ=255) gACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACg < 2:1333454/76‑1 (MQ=255) cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGTACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt < 1:1366811/76‑1 (MQ=255) tcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTaa > 2:1344786/1‑76 (MQ=255) cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAGCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 2:288284/76‑1 (MQ=255) tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 1:1572129/1‑76 (MQ=255) tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 1:287409/1‑76 (MQ=255) tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt < 1:819528/76‑1 (MQ=255) aCTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATg > 1:1169897/1‑76 (MQ=255) aCTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATg > 2:353006/1‑76 (MQ=255) cTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATgg > 1:1075996/1‑76 (MQ=255) tGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGc < 1:483839/76‑1 (MQ=255) gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTATTTATGGCa > 2:387388/1‑76 (MQ=255) aaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAg < 2:529394/76‑1 (MQ=255) aaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAg < 2:95292/76‑1 (MQ=255) tGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCa > 2:368838/1‑76 (MQ=255) cacacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCAATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttt < 2:323242/76‑1 (MQ=255) cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt < 2:1681038/76‑1 (MQ=255) acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa < 2:1102886/76‑1 (MQ=255) aTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTaaa < 1:353006/76‑1 (MQ=255) tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAAc < 1:195542/76‑1 (MQ=255) tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAAc > 2:1658964/1‑76 (MQ=255) tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAAc < 1:1365400/76‑1 (MQ=255) aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACa > 2:98126/1‑76 (MQ=255) aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACAt > 1:1209579/1‑76 (MQ=255) aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATGTTTAAACAt > 1:1209563/1‑76 (MQ=255) gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct < 2:1281093/76‑1 (MQ=255) gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct < 1:1123145/76‑1 (MQ=255) gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct < 2:1127424/76‑1 (MQ=255) aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtctc < 1:271631/76‑1 (MQ=255) aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtctc > 1:630668/1‑76 (MQ=255) aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtctc > 1:830344/1‑76 (MQ=255) tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt < 1:270319/76‑1 (MQ=255) tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt < 1:737267/76‑1 (MQ=255) tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt < 1:737278/76‑1 (MQ=255) gTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATc > 2:1344758/1‑76 (MQ=255) gTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATc < 2:468866/76‑1 (MQ=255) tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa < 2:556294/76‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 1:1149/76‑1 (MQ=255) ccTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa > 1:877031/1‑76 (MQ=255) tCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg > 1:1574847/1‑76 (MQ=255) cGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGc > 2:387284/1‑76 (MQ=255) gTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGca < 1:1391009/76‑1 (MQ=255) tttAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcac > 1:845158/1‑76 (MQ=255) tttAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcac < 2:1160145/76‑1 (MQ=255) ttAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcaca < 2:1138524/76‑1 (MQ=255) tAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa < 1:1238149/76‑1 (MQ=255) tAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa > 2:717736/1‑76 (MQ=255) cGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtctc > 1:311707/1‑76 (MQ=255) gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg > 2:459996/1‑76 (MQ=255) aaaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGa > 2:1257522/1‑76 (MQ=255) aaaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGa > 1:889225/1‑76 (MQ=255) aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa < 2:1493428/76‑1 (MQ=255) tCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAc > 2:1144875/1‑76 (MQ=255) | CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |