| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,875,483 | 0 | G | C | 20.8% | 229.8 / 41.8 | 77 | intergenic (+156/‑28) | yeaB/sdaA | predicted NUDIX hydrolase/L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/28); new base C (16/0); total (49/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATCT > REL606/1875408‑1875558 | tAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAg > 1:1820062/1‑76 (MQ=255)tAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAg > 1:643551/1‑76 (MQ=255) aaTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGt < 2:831811/76‑1 (MQ=255) aaTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGt > 1:213974/1‑76 (MQ=255) aaTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGt < 2:376820/76‑1 (MQ=255) aTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTc > 1:1275475/1‑76 (MQ=255) aTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTc > 1:719461/1‑76 (MQ=255) ttCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTcc > 1:431371/1‑76 (MQ=255) tCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCa > 1:363094/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCNCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAg > 2:254895/1‑76 (MQ=255) tgtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTc < 2:965467/76‑1 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCa < 1:1452735/76‑1 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:1768084/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:67004/1‑76 (MQ=255) gAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCAcc > 2:1823675/1‑76 (MQ=255) gAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAcc > 1:891693/1‑76 (MQ=255) gAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAcc > 1:197715/1‑76 (MQ=255) aaTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCt > 2:59164/1‑76 (MQ=255) aaTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCt > 1:228703/1‑76 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTTGTTACTGGAACTCCAGTCACCtt > 1:1054914/1‑76 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCtt < 2:777168/76‑1 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCtt < 2:887952/76‑1 (MQ=255) tAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTg < 2:282305/76‑1 (MQ=255) tAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTg > 1:605953/1‑76 (MQ=255) tAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTg > 1:1589981/1‑76 (MQ=255) tgTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:1311278/2‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGt > 1:1640939/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:1650337/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:45807/1‑76 (MQ=255) gTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGta > 1:184755/1‑75 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCa > 1:1624385/1‑76 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaa > 1:660240/1‑74 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAg > 1:1695864/1‑76 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaat > 1:187908/1‑73 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaat > 1:792744/1‑73 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAgg < 2:623733/76‑1 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAgg < 2:428486/76‑1 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAgg > 2:1613523/1‑76 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAgg > 2:1539077/1‑76 (MQ=255) gCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAg < 2:1820062/76‑1 (MQ=255) ccAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGt < 2:911172/76‑1 (MQ=255) aGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtat > 1:603748/1‑76 (MQ=255) tCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtatta < 2:1500923/76‑1 (MQ=255) cgccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtattat > 2:490027/1‑76 (MQ=255) gccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATc < 2:1459370/76‑1 (MQ=255) gccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATc < 1:1539384/76‑1 (MQ=255) gccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATc < 2:1006335/76‑1 (MQ=255) cgTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCACGAGTATTATCGTGa > 1:1725553/1‑76 (MQ=255) ttCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGAtt < 2:978467/76‑1 (MQ=255) tCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTa < 1:1287191/76‑1 (MQ=255) tCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTa < 2:1474893/76‑1 (MQ=255) cccTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTTAGGAGTATTATCGTGATTAg > 1:1281148/1‑76 (MQ=255) cccTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAg < 2:1113349/76‑1 (MQ=255) ctctTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACATTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGtt > 1:477024/1‑75 (MQ=255) ctTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTa > 1:1057858/1‑76 (MQ=255) acacTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGAATTATCGTGATTAGTCTATTc < 1:104163/76‑1 (MQ=255) acTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGa > 1:986886/1‑76 (MQ=255) cgcTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGtt > 1:564688/1‑76 (MQ=255) gcTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGttt > 1:325456/1‑76 (MQ=255) gcTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGttt > 1:432981/1‑76 (MQ=255) cTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTa < 1:1438510/76‑1 (MQ=255) gTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAg > 1:893036/1‑76 (MQ=255) gTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAg > 1:1217776/1‑76 (MQ=255) gTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAg < 1:460713/76‑1 (MQ=255) ttattaGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAgg > 1:1422190/1‑76 (MQ=255) attaGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTg > 1:1765829/1‑76 (MQ=255) attaGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTg > 1:1633456/1‑76 (MQ=255) attaGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTg > 1:653865/1‑76 (MQ=255) ttaGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTgg > 1:667882/1‑76 (MQ=255) taGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTggg > 1:60794/1‑76 (MQ=255) ttCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGAt < 2:1728715/76‑1 (MQ=255) tCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGAtt < 1:1775507/76‑1 (MQ=255) cGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTg > 1:363566/1‑76 (MQ=255) gTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTgg < 1:1218849/76‑1 (MQ=255) ttACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGt > 1:615227/1‑76 (MQ=255) ttACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGt > 1:1492416/1‑76 (MQ=255) cTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTccc > 1:1578422/1‑76 (MQ=255) tGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCt > 2:538400/1‑76 (MQ=255) gAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCa < 2:815382/76‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCa < 2:1500682/76‑1 (MQ=255) aaGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCAt < 2:771264/76‑1 (MQ=255) gTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATCt > 2:1686851/1‑76 (MQ=255) | TAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATCT > REL606/1875408‑1875558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |