| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,105,116 | (A)8→7 | intergenic (+77/+135) | ECB_01993 → / ← ECB_01994 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,105,109 | 0 | A | . | 95.7% | 201.1 / 3.4 | 47 | intergenic (+70/+142) | ECB_01993/ECB_01994 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base . (19/25); total (20/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATATAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAC > REL606/2105034‑2105180 | atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCa < 2:1127454/76‑1 (MQ=255)atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCa < 2:458876/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGCCG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaa < 2:915404/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaa < 2:291681/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaa < 2:706777/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACTTAACGACAGATACTCCTAACTTGGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AGGGGTGAGGGGCaa < 2:1052940/76‑1 (MQ=255) ataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaa < 2:712520/76‑1 (MQ=255) ataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCaaa < 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ATATAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATT‑AAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAC > REL606/2105034‑2105180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |