| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 669,080 | T→A | intergenic (‑101/‑354) | gltI ← / → ECB_00624 | glutamate and aspartate transporter subunit/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 669,080 | 0 | T | A | 92.6% | 90.1 / ‑1.1 | 27 | intergenic (‑101/‑354) | gltI/ECB_00624 | glutamate and aspartate transporter subunit/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (8/17); total (9/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAACGCATGGATACCCGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCG > REL606/669007‑669149 | gAACGCATGGATACCCGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTac < 1:823983/76‑2 (MQ=255) aCGCATGGATACCCGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGt < 2:493845/76‑1 (MQ=255) cGCATGGATACCCGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTa < 1:536945/76‑1 (MQ=255) ggATACCCGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTGNTTGCGCAGTATTGTGCCTGTAAGGTAACAtt < 1:107465/76‑1 (MQ=255) gATACCCGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACAttt < 1:1120768/76‑1 (MQ=255) caccGTTCTGAGTGTTTGTGTAGTTATCGTCTCCAACTTTATTGTGCATTCTTGTACCTGTAAGGTAACATTTAGt < 1:129468/74‑1 (MQ=255) ccGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGttt < 1:261068/76‑1 (MQ=255) ccGTTGTGAGTGTTTGTGTTCTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGttt < 1:1045504/76‑1 (MQ=255) cGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTg > 1:144830/1‑76 (MQ=255) tgtgAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCt < 1:471239/76‑1 (MQ=255) gtgtTTGTGTTGCTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg > 2:186704/1‑76 (MQ=255) tttGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGTCTAAATGTaa < 1:568194/76‑1 (MQ=255) tgtgTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg < 1:587329/76‑1 (MQ=255) tgtgTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg < 2:368273/76‑1 (MQ=255) gtgtTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa < 1:1092984/76‑1 (MQ=255) aTCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg < 2:294913/76‑1 (MQ=255) cGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAACGATATTGCTGtt < 2:178503/76‑1 (MQ=255) tCTGCAACTTTATTGTACAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtttt < 2:483004/76‑1 (MQ=255) cAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg < 2:258960/76‑1 (MQ=255) cAACGTTATTGTGCAGTGTTGGGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg < 2:806645/76‑1 (MQ=255) aaCTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgt < 2:638686/76‑1 (MQ=255) ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttntttgt > 2:929629/1‑76 (MQ=255) aTTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTgtttgttt > 1:399830/1‑76 (MQ=255) aTTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTgtttgttt > 1:959755/1‑76 (MQ=255) aTTGTGCAGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTgtttgttt > 2:311973/1‑76 (MQ=255) aGTGTTGTGCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCgag > 2:551819/1‑76 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgc > 1:1115484/1‑76 (MQ=255) tgCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgcc < 1:454054/76‑1 (MQ=255) gCCTGTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgccg > 1:249490/1‑76 (MQ=255) | GAACGCATGGATACCCGTTGTGAGTGTTTGTGTTGTTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCG > REL606/669007‑669149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |