| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 50 (0.910) | 36/144 | 0.5 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 57 (1.040) | 45/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524447‑4524596 | cgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggc > 2:1608339‑M2/76‑76 (MQ=255)cgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggc < 2:353075‑M2/1‑1 (MQ=255)cgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggc > 2:5173‑M2/76‑76 (MQ=255)cATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGc > 2:1314443/1‑76 (MQ=255) gcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCa < 1:181057‑M2/5‑1 (MQ=255) gTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAc > 2:1497217‑M2/1‑75 (MQ=255) atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 1:529749‑M2/70‑76 (MQ=255) ttCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc < 2:858469‑M2/76‑3 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc < 1:1076628‑M2/8‑1 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc > 1:1753483‑M2/69‑76 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc > 2:668439‑M2/67‑76 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg < 1:1465578‑M2/11‑1 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg > 1:1264348‑M2/66‑76 (MQ=255) ccttaacgaggctccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg < 1:606669‑M2/11‑1 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 1:468833‑M2/1‑71 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 2:412815‑M2/14‑1 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag < 1:489347‑M2/76‑9 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtg > 2:401281‑M2/62‑76 (MQ=255) caacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg > 2:851531‑M2/1‑66 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg < 2:761344‑M2/18‑1 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg > 1:403551‑M2/59‑76 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg > 2:1364950‑M2/59‑76 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac < 1:135836‑M2/76‑16 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac > 2:875521‑M2/1‑61 (MQ=255) cTGAATAACAGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac > 2:1693539‑M2/1‑61 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 1:1112332‑M2/1‑59 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg < 1:420809‑M2/24‑1 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg > 1:727841‑M2/53‑76 (MQ=255) ggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa < 1:1743049‑M2/28‑1 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:1053521‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 2:1551881‑M2/29‑1 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 2:560578‑M2/30‑1 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 2:1155355‑M2/32‑1 (MQ=255) cgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGa > 1:114728‑M2/44‑76 (MQ=255) gcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc > 1:396481‑M2/43‑76 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 1:740305‑M2/76‑31 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 1:1090418‑M2/76‑31 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc > 1:751089‑M2/39‑76 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:1196731‑M2/76‑33 (MQ=255) cttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa > 1:1635079‑M2/38‑76 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg > 2:1123680‑M2/1‑41 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg > 2:1471329‑M2/1‑41 (MQ=255) cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg > 2:1619033‑M2/35‑76 (MQ=255) agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGt > 2:1717963‑M2/34‑76 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct < 1:1081026‑M2/76‑39 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct < 1:1557747‑M2/76‑39 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattaagcct < 1:32566‑M2/76‑39 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt < 2:23007‑M2/44‑1 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 2:1535557‑M2/1‑37 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 1:1732861‑M2/1‑37 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTc < 2:932733‑M2/45‑1 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa > 1:1706079‑M2/31‑76 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa > 1:626508‑M2/31‑76 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa < 2:1477333‑M2/46‑1 (MQ=255) ggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAg > 2:1011433‑M2/30‑76 (MQ=255) gTTCCAGGCGTGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 1:1465898‑M2/76‑42 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat > 2:1258421‑M2/1‑33 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgttgtattacgcctgatatg < 2:745030‑M2/76‑45 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga < 2:480637‑M2/76‑46 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga > 2:1327734‑M2/1‑31 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga > 2:1504982‑M2/1‑31 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAt < 1:849800‑M2/54‑1 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta < 2:1569903‑M2/76‑50 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 1:1272799‑M2/55‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 2:556334‑M2/1‑26 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 2:1793158‑M2/20‑76 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg > 1:997977‑M2/1‑24 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 1:227593‑M2/59‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 1:599735‑M2/59‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 1:531378‑M2/59‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 2:1633737‑M2/59‑1 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatctgatttaacgtg < 1:709835‑M2/76‑55 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 1:273171‑M2/76‑55 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 2:1098250‑M2/1‑22 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcatgatatgatttaacgag < 1:295799‑M2/76‑55 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 2:660122‑M2/60‑1 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAc > 1:1283549‑M2/16‑76 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 1:108722‑M2/76‑56 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc < 1:1680516‑M2/63‑1 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc > 1:774339‑M2/14‑76 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccga > 2:1156225‑M2/1‑18 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa < 2:693015‑M2/64‑1 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat < 1:709616‑M2/76‑60 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAg < 2:711169‑M2/65‑1 (MQ=255) gCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatg > 1:1559372‑M2/1‑16 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 2:1313456‑M2/1‑15 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCTGATGCGTCCTTCAAGGTTCCGTATCATTAACCTACCCAGGATc > 2:191429‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 2:517082‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 1:730791‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGCATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 2:285483‑M2/8‑76 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 1:183530‑M2/1‑11 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 2:746175‑M2/1‑11 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 1:95193‑M2/5‑76 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 1:710936‑M2/5‑76 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac > 2:871618‑M2/1‑10 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg < 1:1774162‑M2/73‑1 (MQ=255) ggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactc < 2:284071‑M2/76‑69 (MQ=255) ggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactc > 2:1073679‑M2/1‑8 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct < 1:1143455‑M2/76‑70 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct < 1:1131234‑M2/76‑70 (MQ=255) | CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524447‑4524596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |