Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	REL606	1,183,573	(A)6→5	intergenic (‑147/‑94)	ycfQ ← / → ycfR	predicted DNA‑binding transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	1,183,568	0	A	.	100.0%	216.8 / NA	44	intergenic (‑142/‑99)	ycfQ/ycfR	predicted DNA‑binding transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base . (25/19);  total (25/19)

CCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCG  >  REL606/1183494‑1183637                                                                           |                                                                      ccAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATaa                                                                      <  2:136559/76‑1 (MQ=255)   aGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATaaaa                                                                    >  1:43110/1‑76 (MQ=255)   aGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATaaaa                                                                    >  2:1617802/1‑76 (MQ=255)     aTCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATaaaaat                                                                  >  1:1040588/1‑75 (MQ=255)          aTAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCtt                                                            <  2:522600/76‑1 (MQ=255)          aTAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCtt                                                            <  1:348583/76‑1 (MQ=255)               aataatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtg                                                       >  2:243919/1‑76 (MQ=255)                ataatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtgt                                                      <  1:42963/76‑1 (MQ=255)                 taatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtgtg                                                     >  2:1235107/1‑76 (MQ=255)                 taatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtgtg                                                     >  2:1513803/1‑76 (MQ=255)                 taatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtgtg                                                     >  2:658300/1‑76 (MQ=255)                 taatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtgtg                                                     >  2:1115985/1‑76 (MQ=255)                 taatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtgtg                                                     >  2:1513808/1‑76 (MQ=255)                  aatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGa                                                    <  1:303580/76‑1 (MQ=255)                     tGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATcc                                                 <  1:1532310/76‑1 (MQ=255)                      gCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCa                                                <  1:1411531/76‑1 (MQ=255)                        tttCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGa                                              <  2:1439147/76‑1 (MQ=255)                        tttCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGa                                              <  2:1439123/76‑1 (MQ=255)                          tCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATc                                            >  1:1415295/1‑76 (MQ=255)                           cTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATca                                           >  1:331643/1‑76 (MQ=255)                           cTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATca                                           <  2:197170/76‑1 (MQ=255)                            tATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTCAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATcac                                          >  2:660106/1‑76 (MQ=255)                              tttAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACAt                                        >  2:538939/1‑76 (MQ=255)                                tAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCt                                      >  1:468937/1‑76 (MQ=255)                                tAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCt                                      >  1:749487/1‑76 (MQ=255)                                tAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCt                                      >  1:102242/1‑76 (MQ=255)                                   cTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATc                                   <  2:1566178/76‑1 (MQ=255)                                     gAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCAt                                 <  2:1653303/76‑1 (MQ=255)                                         tttAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAg                             >  1:810034/1‑76 (MQ=255)                                         tttAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAg                             >  1:110113/1‑76 (MQ=255)                                          ttAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGt                            >  2:975089/1‑76 (MQ=255)                                           tAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGtt                           >  1:846975/1‑76 (MQ=255)                                            aaaGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTa                          >  2:1139623/1‑76 (MQ=255)                                            aaaGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTa                          <  1:1679688/76‑1 (MQ=255)                                                    ttAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGt                  <  1:1213741/76‑1 (MQ=255)                                                     tAAGTTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGtt                 >  1:1159942/1‑76 (MQ=255)                                                     tAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGtt                 <  2:86434/76‑1 (MQ=255)                                                     tAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGtt                 >  1:1159935/1‑76 (MQ=255)                                                     tAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGtt                 <  2:639893/76‑1 (MQ=255)                                                        attaattaATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAg              <  1:1274328/76‑1 (MQ=255)                                                         ttaattaaTGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGt             <  1:1524220/76‑1 (MQ=255)                                                         ttaattaaTGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGt             <  2:348472/76‑1 (MQ=255)                                                          taattaatGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTa            >  1:1070294/1‑76 (MQ=255)                                                              taatGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttg        >  1:252742/1‑76 (MQ=255)                                                              taatGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttg        >  2:874619/1‑76 (MQ=255)                                                               aatGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttgc       >  2:1114941/1‑76 (MQ=255)                                                                  gATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttgcttg    <  2:939449/76‑1 (MQ=255)                                                                    ttGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCg  >  1:1379080/1‑76 (MQ=255)                                                                           |                                                                      CCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCG  >  REL606/1183494‑1183637

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑