| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,029,249 | Δ1 bp | intergenic (‑788/+273) | ECB_02828 ← / ← yghD | Polysialic acid transport protein kpsM/predicted secretion pathway M‑type protein, membrane anchored |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,029,246 | 0 | T | . | 93.8% | 345.9 / 18.1 | 81 | intergenic (‑785/+276) | ECB_02828/yghD | Polysialic acid transport protein kpsM/predicted secretion pathway M‑type protein, membrane anchored |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/5); new base . (25/51); total (25/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TGATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAG > REL606/3029174‑3029317 | tGATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttg > 2:555741/1‑75 (MQ=255) gATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttgg > 2:1465990/1‑74 (MQ=255) aTTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttggt > 1:1492910/1‑73 (MQ=255) aTTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttggt > 1:1492902/1‑73 (MQ=255) tATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCt < 1:25958/76‑1 (MQ=255) tctcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTAt < 1:607675/76‑1 (MQ=255) tcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCa > 2:66804/1‑76 (MQ=255) tcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCa > 2:254749/1‑76 (MQ=255) tcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCa > 1:85955/1‑76 (MQ=255) ggAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGATTTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTg < 1:627816/76‑1 (MQ=255) ggAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTg < 1:627814/76‑1 (MQ=255) aaTTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCTCACAAGAATTAGCCTGNATG‑TTTGGTCTATCAATTGtt > 2:278310/1‑76 (MQ=255) aaTTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGtt > 1:779676/1‑76 (MQ=255) aaTTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGtt > 2:1494718/1‑76 (MQ=255) tttACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACt > 1:998055/1‑76 (MQ=255) ttACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTc < 2:1475173/76‑1 (MQ=255) ttACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTc > 2:1327293/1‑76 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 1:108351/76‑1 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:488626/76‑1 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:348731/76‑1 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:348728/76‑1 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:348699/76‑1 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 1:849314/76‑1 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:609951/76‑1 (MQ=255) tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:760836/76‑1 (MQ=255) aCTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCaa < 1:246251/76‑1 (MQ=255) aCTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCaa < 1:246238/76‑1 (MQ=255) aCTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCaa > 2:352777/1‑76 (MQ=255) aaTTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGa > 2:823024/1‑76 (MQ=255) tttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAtt > 2:806550/1‑76 (MQ=255) tttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAtt > 1:1339539/1‑76 (MQ=255) ttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAttt < 2:1642933/76‑1 (MQ=255) ttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAttt < 1:802303/76‑1 (MQ=255) tCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATACGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAttt < 2:598517/76‑1 (MQ=255) aGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGc < 2:670985/76‑1 (MQ=255) acacAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACt < 1:1292077/76‑1 (MQ=255) cacaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTa < 1:426077/76‑1 (MQ=255) acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 2:741698/76‑1 (MQ=255) acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 1:1327586/76‑1 (MQ=255) acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 2:50470/76‑1 (MQ=255) acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 2:50450/76‑1 (MQ=255) gaaaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAtt < 1:1085851/75‑1 (MQ=255) caAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAtt > 2:333168/1‑76 (MQ=255) aaaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATta < 2:1529967/76‑1 (MQ=255) aaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATta < 1:980641/76‑1 (MQ=255) aaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaa < 2:627582/76‑1 (MQ=255) aaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaat > 2:83302/1‑76 (MQ=255) aTACAGCTCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata > 2:993922/1‑76 (MQ=255) aTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata > 2:94480/1‑76 (MQ=255) aTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata > 2:1086160/1‑76 (MQ=255) aTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata < 1:1251108/76‑1 (MQ=255) tACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaataa < 1:1606791/76‑1 (MQ=255) tACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaataa < 2:769204/76‑1 (MQ=255) aCAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTaataat < 2:97320/76‑1 (MQ=255) aCAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTaataat > 2:331879/1‑76 (MQ=255) cAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATc < 1:528644/76‑1 (MQ=255) cAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATc < 1:528649/76‑1 (MQ=255) aGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCa < 1:147124/76‑1 (MQ=255) aGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCa < 1:147109/76‑1 (MQ=255) gATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCAt < 1:249834/76‑1 (MQ=255) tCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATaa < 2:731580/76‑1 (MQ=255) ncacacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATaa > 1:145533/2‑76 (MQ=255) cacacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAt > 1:1671797/1‑76 (MQ=255) cacacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAt < 2:1689291/76‑1 (MQ=255) acacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtg > 1:814535/1‑76 (MQ=255) acacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtg < 1:150980/76‑1 (MQ=255) acaAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtgt < 2:352058/76‑1 (MQ=255) acaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtgtg < 1:875044/76‑1 (MQ=255) acaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtgtg < 1:875061/76‑1 (MQ=255) caAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATgtgt < 2:1139460/76‑1 (MQ=255) aaGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTc > 1:683086/1‑76 (MQ=255) gAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCaa < 1:632585/76‑1 (MQ=255) aaTTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCaaa < 1:1450380/76‑1 (MQ=255) tATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAaca > 2:1318977/1‑76 (MQ=255) tATCCTATATATTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAac < 1:710973/76‑1 (MQ=255) tCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACt < 1:563227/76‑1 (MQ=255) ccTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACt < 2:833969/76‑1 (MQ=255) ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt > 1:307878/1‑76 (MQ=255) ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt < 1:705304/76‑1 (MQ=255) ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt < 2:773416/76‑1 (MQ=255) ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt < 2:1234082/76‑1 (MQ=255) cTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATANTCATAATGTGTCAAAACACTTa < 2:230505/76‑1 (MQ=255) cTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTa < 1:1042839/76‑1 (MQ=255) atatG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAg < 1:1299661/76‑1 (MQ=255) atatG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAg > 2:1394366/1‑76 (MQ=255) | TGATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAG > REL606/3029174‑3029317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |