| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,332,148 | (T)6→5 | intergenic (+131/‑79) | topA → / → cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,332,143 | 0 | T | . | 96.2% | 239.7 / 4.1 | 52 | intergenic (+126/‑84) | topA/cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base . (27/23); total (27/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TTTTTATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑TTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGT > REL606/1332068‑1332214 | tttttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑t < 1:1425333/76‑1 (MQ=255) tttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑ttt > 2:1408538/1‑76 (MQ=255) tttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑ttt > 1:1654222/1‑76 (MQ=255) ttATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑tttt < 1:1890920/76‑1 (MQ=255) tATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑ttttt < 1:670039/76‑1 (MQ=255) tATTGCATATTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑ttttt < 2:1782629/76‑1 (MQ=255) atatTATTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑‑TTTttattatt > 1:1855963/1‑76 (MQ=255) tattatTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACC‑‑TTTttattatta > 2:890444/1‑76 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |