| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,781,131 | T→C | intergenic (+52/‑26) | ygcM → / → ygcN | 6‑pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS)/predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,781,131 | 0 | T | C | 97.9% | 182.9 / ‑3.7 | 48 | intergenic (+52/‑26) | ygcM/ygcN | 6‑pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS)/predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (20/27); total (21/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
TGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAG > REL606/2781059‑2781202 | tGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGgggtcgtg > 1:1261435/1‑76 (MQ=255) gTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGgtgttgtgt > 1:1687417/1‑76 (MQ=255) gTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGgggtcgtgt > 1:925370/1‑76 (MQ=255) ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg < 1:384644/76‑1 (MQ=255) ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg > 1:1099998/1‑76 (MQ=255) ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg > 1:1910498/1‑76 (MQ=255) ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg > 1:83939/1‑76 (MQ=255) ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGGGTCGTGTTCTg > 1:1348570/1‑76 (MQ=255) atcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGGGTCGTGTTCTggg > 1:1391981/1‑75 (MQ=255) tcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGat < 1:339980/76‑1 (MQ=255) ggcgAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCt > 2:20667/1‑76 (MQ=255) gcgAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTg < 1:741224/76‑1 (MQ=255) gcgAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTg > 1:7437/1‑76 (MQ=255) tGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCa > 1:1745838/1‑76 (MQ=255) aTAAGAGTGTGTCGTCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATg < 2:369384/76‑1 (MQ=255) aTAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTTGGGTGTCGTGTTCTTGGTATCTGGGGGATg > 1:951304/1‑76 (MQ=255) aTAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATg < 1:607194/76‑1 (MQ=255) aTAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATg > 1:121172/1‑76 (MQ=255) tAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGa < 1:1604260/76‑1 (MQ=255) tAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGa < 2:537978/76‑1 (MQ=255) agagTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACa > 1:1673055/1‑76 (MQ=255) agTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATg < 2:980140/76‑1 (MQ=255) agTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATg < 1:498895/76‑1 (MQ=255) gtgtgtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATgg < 1:53516/76‑1 (MQ=255) gtgtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGaa < 1:537197/76‑1 (MQ=255) gtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAga > 2:623396/1‑76 (MQ=255) gtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAga < 2:946427/76‑1 (MQ=255) cggcggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAgacg < 2:468234/76‑1 (MQ=255) gcggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGATAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAgacgac < 2:322090/76‑1 (MQ=255) cggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACt < 2:240841/76‑1 (MQ=255) cggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACt > 2:641273/1‑76 (MQ=255) ggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTg < 2:951304/76‑1 (MQ=255) gTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGc < 1:435737/76‑1 (MQ=255) tCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCg < 1:1587971/76‑1 (MQ=255) aTTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACa > 2:1080117/1‑76 (MQ=255) ttCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACatt > 2:624398/1‑76 (MQ=255) ttCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACatt > 2:138815/1‑76 (MQ=255) cccTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattat < 2:1072540/76‑1 (MQ=255) ccTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattatt < 2:1508160/76‑1 (MQ=255) tAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatt > 2:1491908/1‑76 (MQ=255) tAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatt < 1:1097772/76‑1 (MQ=255) aaGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatta < 2:790408/76‑1 (MQ=255) aaGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatta < 1:999366/76‑1 (MQ=255) aaGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatta < 1:516665/76‑1 (MQ=255) gTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattattatt < 1:628808/76‑1 (MQ=255) aaCGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTgg > 1:880606/1‑76 (MQ=255) gCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGc > 2:1641562/1‑76 (MQ=255) gTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTa < 2:1200520/76‑1 (MQ=255) ttAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAt > 1:404557/1‑76 (MQ=255) ttAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAt > 1:648106/1‑76 (MQ=255) tAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAtt > 1:1093860/1‑76 (MQ=255) tAGGGTGTCGTGTTATGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAtt > 1:1259813/1‑76 (MQ=255) aGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTCCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTg > 2:328103/1‑76 (MQ=255) gggTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGc < 2:1747635/76‑1 (MQ=255) gtgtcgtgttCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAg < 2:73483/76‑1 (MQ=255) | TGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAG > REL606/2781059‑2781202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |