Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,367,985 | C→T | R317H (CGC→CAC) | rpoA ← | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,367,985 | 0 | C | T | 98.8% | 301.2 / ‑4.5 | 81 | R317H (CGC→CAC) | rpoA | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (40/40); total (41/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 |
CCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAG > REL606/3367913‑3368057 | ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCa > 1:894139/1‑76 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCAt > 2:620983/1‑76 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCAt < 1:1790169/76‑1 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCAt > 1:187855/1‑76 (MQ=255) tctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGc > 1:499325/1‑76 (MQ=255) tctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGc < 1:1577604/76‑1 (MQ=255) tctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGGGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGc > 1:499298/1‑76 (MQ=255) ctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGcc > 1:2088918/1‑76 (MQ=255) cAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCa > 2:138478/1‑76 (MQ=255) aGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCag < 2:1189298/76‑1 (MQ=255) gTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCaga < 1:1835640/76‑1 (MQ=255) tAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCagag < 1:139299/76‑1 (MQ=255) aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAgaga > 2:221102/1‑76 (MQ=255) aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAgaga > 2:223472/1‑76 (MQ=255) aaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGAc < 2:148895/76‑1 (MQ=255) aCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAg > 1:1740693/1‑76 (MQ=255) aCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAg < 2:877931/76‑1 (MQ=255) ccTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGt > 1:1832894/1‑76 (MQ=255) cTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTc > 1:1506305/1‑76 (MQ=255) ttAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTcc < 2:1689034/76‑1 (MQ=255) tAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCa > 2:441772/1‑76 (MQ=255) tAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCa < 2:528814/76‑1 (MQ=255) tAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCa > 1:1679847/1‑76 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCAc < 2:1964186/76‑1 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCAc > 2:1409838/1‑76 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCAc > 2:1312854/1‑76 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCAc > 2:578203/1‑76 (MQ=255) aCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACg < 2:80511/76‑1 (MQ=255) ccTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACgg < 1:376591/76‑1 (MQ=255) cTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACggg > 1:249961/1‑76 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGa > 1:211238/1‑76 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGa < 2:1234228/76‑1 (MQ=255) gtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 2:912774/76‑1 (MQ=255) gtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 2:124967/76‑1 (MQ=255) tgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAg < 2:746298/76‑1 (MQ=255) tgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAg > 2:2132310/1‑76 (MQ=255) tgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAg > 2:1490245/1‑76 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGc > 2:1068394/1‑76 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGc > 2:429728/1‑76 (MQ=255) aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGcc > 2:1961517/1‑76 (MQ=255) aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGcc < 1:1071899/76‑1 (MQ=255) aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGcc > 1:570249/1‑76 (MQ=255) ccGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg > 2:763402/1‑76 (MQ=255) ccGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg > 1:130793/1‑76 (MQ=255) ccGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg > 1:1942882/1‑76 (MQ=255) ggTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCa < 1:156568/76‑1 (MQ=255) gTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCAc > 1:1902982/1‑76 (MQ=255) ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACg < 2:1898455/76‑1 (MQ=255) aCTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTc > 1:1927178/1‑76 (MQ=255) cTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCt > 2:1751241/1‑76 (MQ=255) cGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCttt > 1:319260/1‑76 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTa < 1:1065768/76‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa < 2:256809/76‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa < 1:144468/76‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa < 1:421573/76‑1 (MQ=255) cAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAt > 1:719595/1‑76 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtc < 1:1682608/76‑1 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtc > 2:2082940/1‑76 (MQ=255) gATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCa < 1:845832/76‑1 (MQ=255) tGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGt < 1:1449239/76‑1 (MQ=255) tGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGt < 1:1255611/76‑1 (MQ=255) tGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGt < 1:580446/76‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag < 1:1893053/76‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag > 2:311731/1‑76 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTGAATCTCAGTAag > 2:469982/1‑76 (MQ=255) tGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAaga > 2:2213229/1‑76 (MQ=255) gCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAagag < 1:1967261/76‑1 (MQ=255) ggTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtt < 1:850524/76‑1 (MQ=255) tGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttt < 2:1446980/76‑1 (MQ=255) ggCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAttttt > 2:1689750/1‑76 (MQ=255) ggCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAttttt < 2:126010/76‑1 (MQ=255) ggCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAttttt < 2:468384/76‑1 (MQ=255) ccAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTa < 1:265464/76‑1 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAc > 1:791498/1‑76 (MQ=255) tttCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAACCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg < 2:1742770/76‑1 (MQ=255) ttCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAgg > 2:2178504/1‑76 (MQ=255) ttCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAgg > 2:2117461/1‑76 (MQ=255) tCCAGGTGCATGCCCAGAGACNGTCCCCGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGt < 2:350480/76‑1 (MQ=255) ccAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGtt < 1:518757/76‑1 (MQ=255) aGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg < 2:390807/76‑1 (MQ=255) aGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg > 1:1901033/1‑76 (MQ=255) aGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg < 2:1893129/76‑1 (MQ=255) | CCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAG > REL606/3367913‑3368057 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |