| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,163,028 | C→A | Q725K (CAG→AAG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,163,028 | 0 | C | A | 98.7% | 296.2 / ‑3.3 | 76 | Q725K (CAG→AAG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (32/43); total (33/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
GGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCG > REL606/4162956‑4163100 | ggtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGt > 1:2026496/1‑76 (MQ=255)ggtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGt > 1:2033471/1‑76 (MQ=255) gtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTa < 2:1669002/76‑1 (MQ=255) gtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTa < 1:165666/76‑1 (MQ=255) gtACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTa > 2:2185880/1‑76 (MQ=255) tACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTAc < 1:1538383/76‑1 (MQ=255) tACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTAc > 1:1836063/1‑76 (MQ=255) tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTg < 2:618472/76‑1 (MQ=255) tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTg < 2:1244238/76‑1 (MQ=255) tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTg < 2:1703248/76‑1 (MQ=255) gTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGa > 1:542722/1‑76 (MQ=255) gTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGa > 1:1806580/1‑76 (MQ=255) tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGAt < 1:979935/76‑1 (MQ=255) tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGAt > 1:1974973/1‑76 (MQ=255) tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGAt > 2:1991938/1‑76 (MQ=255) tGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGc > 1:613669/1‑76 (MQ=255) tGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGc > 2:1060820/1‑76 (MQ=255) ggAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCt > 2:2209334/1‑76 (MQ=255) gAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCtt > 1:257782/1‑76 (MQ=255) gAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCtt < 1:2130886/76‑1 (MQ=255) aaCGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTc < 2:2062558/76‑1 (MQ=255) gTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCg > 1:1979678/1‑76 (MQ=255) gCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTa < 1:335668/76‑1 (MQ=255) cTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTAt < 1:1798478/76‑1 (MQ=255) cTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTAt < 1:1798471/76‑1 (MQ=255) tGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATc < 2:872702/76‑1 (MQ=255) tGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATc > 1:935167/1‑76 (MQ=255) ttGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGt < 2:717787/76‑1 (MQ=255) tGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGtt < 1:1995118/76‑1 (MQ=255) tGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGtt < 1:142306/76‑1 (MQ=255) ccGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTAt < 1:2072648/76‑1 (MQ=255) ccGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTAt < 1:2178806/76‑1 (MQ=255) cGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATc > 2:1453377/1‑76 (MQ=255) gTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCa < 2:1361787/76‑1 (MQ=255) gTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCa < 1:1914007/76‑1 (MQ=255) ttGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCaa < 1:316110/76‑1 (MQ=255) tGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATaaaa > 2:2236268/1‑76 (MQ=255) tGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCaaa < 1:1964860/76‑1 (MQ=255) cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt < 2:1825079/76‑1 (MQ=255) cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt < 1:2196956/76‑1 (MQ=255) cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt < 2:1938226/76‑1 (MQ=255) ccGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTaa < 1:739874/76‑1 (MQ=255) ccGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACCTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTaa > 2:1397673/1‑76 (MQ=255) gtgtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGa < 1:204834/76‑1 (MQ=255) tgtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGaa < 2:1080978/76‑1 (MQ=255) gtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAg < 1:1213027/76‑1 (MQ=255) gtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAg < 1:572421/76‑1 (MQ=255) gtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAg < 1:1375218/76‑1 (MQ=255) tAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGa > 1:1188427/1‑76 (MQ=255) aCTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACg < 1:482350/76‑1 (MQ=255) cTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACga > 1:285118/1‑76 (MQ=255) cTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACga < 1:897920/76‑1 (MQ=255) cTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACga < 1:1038580/76‑1 (MQ=255) gCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACgaga < 2:1540062/76‑1 (MQ=255) ggTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATg < 2:776691/76‑1 (MQ=255) tAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTa > 1:158197/1‑76 (MQ=255) tAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTa > 2:958070/1‑76 (MQ=255) aGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTAt < 1:1424157/76‑1 (MQ=255) aGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTAt < 1:360703/76‑1 (MQ=255) gCTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATc > 2:1944765/1‑76 (MQ=255) cTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc > 2:1358826/1‑76 (MQ=255) cTAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc > 1:11124/1‑76 (MQ=255) tAAACGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCg > 2:1672680/1‑76 (MQ=255) aaaCGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCgg > 2:1688122/1‑76 (MQ=255) aaaCGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCgg > 2:767372/1‑76 (MQ=255) aaaCGTGGTGGTGTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCgg > 1:1682348/1‑76 (MQ=255) gtggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa > 1:412633/1‑76 (MQ=255) gtggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa < 2:1541194/76‑1 (MQ=255) gtggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa > 1:767584/1‑76 (MQ=255) tggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGaa < 1:1672647/76‑1 (MQ=255) tggtggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGaa > 1:1661289/1‑76 (MQ=255) tggtggtgTCGTTAAGTACATGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGaa > 1:479846/1‑76 (MQ=255) tggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCa < 1:2237723/76‑1 (MQ=255) ggtgTCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAg < 1:1074088/76‑1 (MQ=255) gtgtCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAgg < 1:143802/76‑1 (MQ=255) tCGTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTAt > 1:666082/1‑76 (MQ=255) gTTAAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCTTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCg > 1:1256362/1‑76 (MQ=255) | GGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCG > REL606/4162956‑4163100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |