| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,994,856 | A→C | intergenic (+342/‑1) | amn → / → yeeN | AMP nucleosidase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,994,856 | 0 | A | C | 96.4% | 357.0 / 0.9 | 83 | intergenic (+342/‑1) | amn/yeeN | AMP nucleosidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base C (46/34); total (47/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATG > REL606/1994783‑1994926 | gATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGt < 1:257259/76‑1 (MQ=255)gATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGt > 1:2150530/1‑76 (MQ=255)gATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGt < 1:860716/76‑1 (MQ=255) tataATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTgg > 1:386172/1‑76 (MQ=255) tataATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTgg > 1:1897413/1‑76 (MQ=255) ataataTGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTggg > 2:782905/1‑76 (MQ=255) aataTGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGAc < 1:1212817/76‑1 (MQ=255) aataTGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGAc > 2:151734/1‑76 (MQ=255) 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2:1412965/1‑76 (MQ=255) aggagATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTaa > 2:1038936/1‑76 (MQ=255) agaTCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAAt < 2:303055/76‑1 (MQ=255) aTCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAAttt < 2:1681068/76‑1 (MQ=255) aTCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAAttt > 2:1689427/1‑76 (MQ=255) tCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTa < 1:1793501/76‑1 (MQ=255) cATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTAt > 1:1184083/1‑76 (MQ=255) aTTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACATCTAAAATTTATg > 2:1668132/1‑76 (MQ=255) aTTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATg < 1:1717054/76‑1 (MQ=255) | GATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATG > REL606/1994783‑1994926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |