New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 2039252 | 33 (0.510) | 7 (0.120) | 5/140 | 7.2 | 15.3% | coding (443/747 nt) | wbbA | putative glycosyltransferase WbbA |
? | REL606 | = 2039725 | 47 (0.770) | coding (404/438 nt) | vioB | VioB, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACATTTACCGTAAAA > REL606/2039651‑2039799 | gTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATAc > 1:776244/1‑76 (MQ=255) ccGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAg < 2:1280590/76‑1 (MQ=255) gACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGAt > 1:1946712/1‑76 (MQ=255) cTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTc > 1:499254/1‑76 (MQ=255) tatCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGc > 1:961387/1‑76 (MQ=255) gTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaa > 2:1544171/1‑76 (MQ=255) gTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaa < 2:141666/76‑1 (MQ=255) gTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCaa > 2:1079477/1‑76 (MQ=255) gTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATCCAAGCTCCaa > 2:1544187/1‑76 (MQ=255) ccGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAAtt < 1:445037/76‑1 (MQ=255) ccGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAAtt > 1:2052322/1‑76 (MQ=255) gAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTc > 1:1204993/1‑76 (MQ=255) aaataaatATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCtt > 1:1218942/1‑76 (MQ=255) aaataTGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGctt > 2:211356/1‑76 (MQ=255) tatGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttctt < 1:458402/76‑1 (MQ=255) tatGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGcttctt < 1:458375/76‑1 (MQ=255) gAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCa < 1:610264/76‑1 (MQ=255) gAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCa < 1:610283/76‑1 (MQ=255) gttCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAg > 2:1771844/3‑76 (MQ=255) aTCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGa > 2:690297/1‑76 (MQ=255) tCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATAGAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGat > 2:1258140/1‑76 (MQ=255) cTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGata > 1:6581/1‑76 (MQ=255) ttCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGatat < 2:169389/76‑1 (MQ=255) ttCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGatat < 1:1735136/76‑1 (MQ=255) tCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATAtt < 2:915375/76‑1 (MQ=255) tCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATAtt > 2:1247175/1‑76 (MQ=255) tCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATAtt < 2:1929883/76‑1 (MQ=255) tCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATAtt < 1:1761308/76‑1 (MQ=255) caGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGt > 1:393800/1‑76 (MQ=255) gATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGttt > 1:1466886/1‑76 (MQ=255) ttATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAg > 1:1586440/1‑76 (MQ=255) ttATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAg > 1:1586413/1‑76 (MQ=255) tATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGc > 1:1825625/1‑76 (MQ=255) tATCTCCAATAGCGCTTGGGTTAAATACAGATTCAAGCCCCCAAAAATTTTTTCTTTTTTCTGCTAATGttttttc > 1:28159/1‑73 (MQ=255) aTCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCt > 1:528251/1‑76 (MQ=255) cttcAAAAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTgg > 2:294472/4‑76 (MQ=255) tcCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGt < 2:1532205/76‑1 (MQ=255) tcCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGt < 2:1532227/76‑1 (MQ=255) ccAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGta < 2:370828/76‑1 (MQ=255) ccAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGta > 2:139886/1‑76 (MQ=255) aaTAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGtata > 2:996867/1‑76 (MQ=255) cTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACAt < 1:535847/76‑1 (MQ=255) ttGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACAtt < 1:2023311/76‑1 (MQ=255) ttGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACAtt < 1:2023321/76‑1 (MQ=255) tGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACAttt < 1:1014897/76‑1 (MQ=255) ggTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATAATGGTTTAGCTGGTATACCTACATTTa > 1:804887/1‑76 (MQ=255) gTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACATTTAc > 1:526479/1‑76 (MQ=255) tAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACATTTACCGt < 2:9410/76‑1 (MQ=255) aaTACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACATTTACCGTaa < 1:1337708/76‑1 (MQ=255) tACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACATTTACCGTaaaa < 1:1680795/76‑1 (MQ=255) | GTCCGACTAATATCCGTATGCCGAAAATAAATATGAATCTTCACAGATTATCTCCAATAGCGCTTGGTTTAAATACAGATTCAAGCTCCAATAATTTCTTGCTTCTTTCAGATATTGGTTTAGCTGGTATACCTACATTTACCGTAAAA > REL606/2039651‑2039799 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |