| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,886,748 | T→A | intergenic (‑578/+91) | yobF ← / ← yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,886,748 | 0 | T | A | 93.1% | 388.0 / 14.6 | 102 | intergenic (‑578/+91) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base A (52/43); total (54/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTA > REL606/1886675‑1886820 | gAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTaaa > 2:282226/1‑76 (MQ=255)gAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTaaa < 2:1093371/76‑1 (MQ=255)gAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTaa < 2:125651/76‑1 (MQ=255) aaaaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAt < 2:511769/76‑1 (MQ=255) aaaaTATCTGTTTATTATATCGCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTGGAAGGCAGACCAGAGTTTAAAt < 1:1207679/76‑1 (MQ=255) aaaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAtt < 1:705285/76‑1 (MQ=255) aaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAttt < 2:1867810/76‑1 (MQ=255) aaTATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAAttt < 1:368146/76‑1 (MQ=255) 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1:2022045/76‑1 (MQ=255) aaTTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGa > 2:1969642/1‑76 (MQ=255) attattTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAg > 2:1780197/1‑76 (MQ=255) ttattTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGt < 2:1204896/76‑1 (MQ=255) tattTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTa < 1:1572516/76‑1 (MQ=255) attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa > 1:2034928/1‑76 (MQ=255) attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 1:1871776/76‑1 (MQ=255) attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 1:1759082/76‑1 (MQ=255) attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 2:775986/76‑1 (MQ=255) attTGAAGTCAGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTaa < 1:464073/76‑1 (MQ=255) 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> 1:404349/1‑76 (MQ=255) aGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAacg > 2:745583/1‑76 (MQ=255) aGACCAGAGTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAacg < 2:631351/76‑1 (MQ=255) agagTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACggg > 2:50580/1‑76 (MQ=255) agagTTTAAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACggg < 2:943079/76‑1 (MQ=255) agTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGt < 1:1413552/76‑1 (MQ=255) tttaAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTa > 2:721846/1‑76 (MQ=255) | GAAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGGCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTA > REL606/1886675‑1886820 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |