Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	REL606	3,600,510	G→A	G476E (GGA→GAA)	treF →	cytoplasmic trehalase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	3,600,510	0	G	A	100.0%	219.4 / NA	57	G476E (GGA→GAA)	treF	cytoplasmic trehalase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (35/22);  total (35/22)

GAGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGGATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGT  >  REL606/3600440‑3600581                                                                       |                                                                        gAGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTa                                                                    <  2:1446432/76‑1 (MQ=255)  aGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTaa                                                                   >  1:465226/1‑76 (MQ=255)     aCGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAAt                                                                <  1:1558499/76‑1 (MQ=255)        aaaCCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTa                                                             >  2:1453234/1‑76 (MQ=255)        aaaCCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTa                                                             >  1:344412/1‑76 (MQ=255)            cGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGc                                                         >  2:675407/1‑76 (MQ=255)             ggTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCg                                                        >  2:1551762/1‑76 (MQ=255)              gTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGa                                                       >  1:1114261/1‑76 (MQ=255)               tGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGAt                                                      <  1:1802969/76‑1 (MQ=255)               tGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGAt                                                      >  2:636200/1‑76 (MQ=255)               tGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGAt                                                      >  2:1650340/1‑76 (MQ=255)                   cAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGAcc                                                  >  2:1278744/1‑76 (MQ=255)                      tGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTc                                               <  2:968746/76‑1 (MQ=255)                      tGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTc                                               >  2:1554009/1‑76 (MQ=255)                          aTAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTggg                                           >  1:1808276/1‑76 (MQ=255)                          aTAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTggg                                           >  2:1562202/1‑76 (MQ=255)                            aaaCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtg                                         >  1:1554222/1‑76 (MQ=255)                            aaaCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtg                                         >  1:1836429/1‑76 (MQ=255)                            aaaCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtg                                         >  1:1217116/1‑76 (MQ=255)                              aCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgat                                       >  1:1309484/1‑76 (MQ=255)                               cccAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgatg                                      <  2:770140/76‑1 (MQ=255)                               cccAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgatg                                      >  1:101061/1‑76 (MQ=255)                                ccAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgatga                                     <  2:917885/76‑1 (MQ=255)                                 cAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGaa                                    <  2:997116/76‑1 (MQ=255)                                   aTGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAAt                                  >  2:1783448/1‑76 (MQ=255)                                    tGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGCCCTTCTGGGTGATGAAATc                                 <  1:496534/76‑1 (MQ=255)                                    tGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATc                                 >  2:114270/1‑76 (MQ=255)                                     ggCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcg                                >  2:317690/1‑76 (MQ=255)                                        tGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcgcgc                             >  1:1336821/1‑76 (MQ=255)                                        tGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcgcgc                             >  1:537010/1‑76 (MQ=255)                                         gggCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcgcgcg                            >  2:1510900/1‑76 (MQ=255)                                          ggCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCgcgcgc                           <  1:143255/76‑1 (MQ=255)                                          ggCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCgcgcgc                           <  2:1443346/76‑1 (MQ=255)                                              ccGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgct                       <  1:1318265/76‑1 (MQ=255)                                                gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg                     <  2:1625828/76‑1 (MQ=255)                                                gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg                     <  2:603368/76‑1 (MQ=255)                                                gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg                     <  2:490833/76‑1 (MQ=255)                                                gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg                     <  2:37742/76‑1 (MQ=255)                                                 ttACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctggc                    >  2:1618173/1‑76 (MQ=255)                                                    cAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGa                 >  2:650130/1‑76 (MQ=255)                                                    cAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGa                 >  2:1605843/1‑76 (MQ=255)                                                     aaTGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGaa                >  1:359695/1‑76 (MQ=255)                                                      atggatggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGaaa               <  2:364584/76‑1 (MQ=255)                                                       tggatggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGaaaa              <  2:722890/76‑1 (MQ=255)                                                         gatggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACg            <  1:675407/76‑1 (MQ=255)                                                           tggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGt          >  2:1284450/1‑76 (MQ=255)                                                              cAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGaa       >  2:609590/1‑76 (MQ=255)                                                              cAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGaa       >  1:429701/1‑76 (MQ=255)                                                               aaTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAAt      >  2:1184638/1‑76 (MQ=255)                                                                aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc     <  2:610118/76‑1 (MQ=255)                                                                aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc     <  2:1574859/76‑1 (MQ=255)                                                                aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc     <  2:1536175/76‑1 (MQ=255)                                                                aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGCGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc     >  2:1561169/1‑76 (MQ=255)                                                                 ttCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCa    >  1:806849/1‑76 (MQ=255)                                                                  tCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGGTGGCTGAAAACGGTGAATCAg   <  1:1713329/76‑1 (MQ=255)                                                                  tCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAg   >  2:806823/1‑76 (MQ=255)                                                                   cAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGt  >  1:1125829/1‑76 (MQ=255)                                                                   cAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGt  >  2:1153831/1‑76 (MQ=255)                                                                       |                                                                        GAGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGGATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGT  >  REL606/3600440‑3600581

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑