| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,818,071 | C→A | A305D (GCT→GAT) | sdaC → | predicted serine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,818,071 | 0 | C | A | 96.9% | 234.1 / 2.2 | 65 | A305D (GCT→GAT) | sdaC | predicted serine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (30/33); total (31/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
GCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAA > REL606/2817998‑2818143 | gCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATc < 2:1830683/76‑1 (MQ=255) cTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATcc < 2:767304/76‑1 (MQ=255) cTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATcc < 1:188068/76‑1 (MQ=255) aaaGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcga > 2:341775/1‑76 (MQ=255) aaGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgat > 1:259849/1‑76 (MQ=255) aaGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgat > 2:1677876/1‑76 (MQ=255) agCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattat < 2:261693/76‑1 (MQ=255) cAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcg > 1:452104/1‑76 (MQ=255) 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> 1:691122/1‑76 (MQ=255) cGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCgattatcgcgattatcgc > 1:240022/1‑76 (MQ=255) cGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCAgattatcgcgattatcgc > 1:1880835/1‑76 (MQ=255) gATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCt < 1:1389659/76‑1 (MQ=255) gATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCt < 2:744011/76‑1 (MQ=255) aTTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTa < 2:1018009/76‑1 (MQ=255) ttCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTAt < 2:1208032/76‑1 (MQ=255) tCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATc > 2:1775788/1‑76 (MQ=255) tCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATc < 2:1294908/76‑1 (MQ=255) cTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCa < 2:1489397/76‑1 (MQ=255) 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2:937468/76‑1 (MQ=255) gcgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAg < 1:533295/76‑1 (MQ=255) cgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAgg < 1:353591/76‑1 (MQ=255) cgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAgg > 1:1117644/1‑76 (MQ=255) gTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGc > 2:875420/1‑76 (MQ=255) tggatggaTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCt > 2:1175052/1‑76 (MQ=255) gATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTc < 2:747575/76‑1 (MQ=255) gATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTc < 1:62735/76‑1 (MQ=255) aTGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCa < 2:998069/76‑1 (MQ=255) tGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCaa > 2:1859674/1‑76 (MQ=255) tGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCaa < 2:1346122/76‑1 (MQ=255) | GCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAA > REL606/2817998‑2818143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |