| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,876,073 | T→C | D89G (GAT→GGT) | atpC ← | F0F1 ATP synthase subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,876,073 | 0 | T | C | 98.5% | 254.5 / NA | 65 | D89G (GAT→GGT) | atpC | F0F1 ATP synthase subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (29/35); total (30/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACA > REL606/3876001‑3876145 | aCGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCt < 2:1347917/76‑1 (MQ=255) cGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTg < 2:474252/76‑1 (MQ=255) cGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTg < 2:1672199/76‑1 (MQ=255) gTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTgg < 1:1744450/76‑1 (MQ=255) gTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTgg > 1:1471183/1‑76 (MQ=255) tCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGc > 1:1491297/1‑76 (MQ=255) cGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGcc < 2:1576499/76‑1 (MQ=255) gCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCcg < 2:1206671/76‑1 (MQ=255) cGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCTGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCcgcg < 1:1880236/76‑1 (MQ=255) gTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGa > 1:1418181/1‑76 (MQ=255) tGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGaa > 2:1935101/1‑76 (MQ=255) gagaGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAAt > 1:1942824/1‑76 (MQ=255) gagaGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAAt > 1:1731264/1‑76 (MQ=255) agagCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAAtt < 2:1230968/76‑1 (MQ=255) agagCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAAtt < 2:673054/76‑1 (MQ=255) agCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGc > 1:1132605/1‑76 (MQ=255) tgctAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGCATTGCggg > 1:136705/1‑75 (MQ=255) gctAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGgtg < 2:1373435/76‑1 (MQ=255) ctAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGgtgt > 2:1254350/1‑76 (MQ=255) ctAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGgtgt < 2:1017904/76‑1 (MQ=255) ctAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGgtgt < 2:975318/76‑1 (MQ=255) ctAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGgggt > 1:87549/1‑76 (MQ=255) tAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTc > 2:465381/1‑76 (MQ=255) tAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTc > 2:2016315/1‑76 (MQ=255) tAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTc > 2:1106527/1‑76 (MQ=255) aaTGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGNCCGCGCACTGCGGTGTCg > 2:782081/1‑76 (MQ=255) aTGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCgg < 2:1953344/76‑1 (MQ=255) gCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAg < 2:757962/76‑1 (MQ=255) tctTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGaa < 2:393937/76‑1 (MQ=255) tCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACgg > 1:1818214/1‑76 (MQ=255) cAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAAATACTGTTTCGGCAAGAAcctc > 1:1629902/1‑73 (MQ=255) tccTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCa < 2:1286306/75‑1 (MQ=255) ccTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCAc < 1:1857767/76‑1 (MQ=255) cTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACg < 2:91872/76‑1 (MQ=255) ttACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGt < 2:481019/76‑1 (MQ=255) tACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGtt < 1:473347/76‑1 (MQ=255) tACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGtt < 1:1411628/76‑1 (MQ=255) gTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGttntc < 2:1418181/76‑4 (MQ=255) tttCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCa < 1:90021/76‑1 (MQ=255) tttCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCa > 2:1683057/1‑76 (MQ=255) tCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAgg > 2:1390345/1‑76 (MQ=255) tCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAgg > 2:143014/1‑76 (MQ=255) cGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGc > 2:91037/1‑76 (MQ=255) cGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGGCACGTTGCCAGGc > 1:286902/1‑76 (MQ=255) gCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCGGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCt < 2:806012/76‑1 (MQ=255) cTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGGCACGTTGCCAGGCTg > 2:147224/1‑76 (MQ=255) cTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGCCACGTTGCCAGGCTg > 1:1775210/1‑76 (MQ=255) ttCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGc < 1:1446581/76‑1 (MQ=255) tCCGTGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCa < 1:1345447/76‑1 (MQ=255) tCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCa < 2:598772/76‑1 (MQ=255) tCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCa < 1:417567/76‑1 (MQ=255) aTGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACtt < 2:142838/76‑1 (MQ=255) tGGCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTc < 1:1088174/76‑1 (MQ=255) gCTCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCaa < 1:1225763/76‑1 (MQ=255) tCGCGCTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGa < 1:1642279/76‑1 (MQ=255) gcgcTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAAt < 2:1774352/76‑1 (MQ=255) cTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATgcc > 2:232101/1‑76 (MQ=255) cTTCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATgcc > 1:51808/1‑76 (MQ=255) ttCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATgccg > 2:646595/1‑76 (MQ=255) ttCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATgccg > 2:1064789/1‑76 (MQ=255) ttCGTCGAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCGGCACTTCAAGAATgccg > 1:1235128/1‑76 (MQ=255) cgtcgAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATgccgcc < 1:1866195/76‑1 (MQ=255) tcgAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCcag > 2:745691/1‑76 (MQ=255) cgAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCcaga > 2:666675/1‑76 (MQ=255) cgAGACCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCcaga > 2:1241701/1‑76 (MQ=255) agaCCCTGGCCGCGAATTGTGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCcagaca < 2:1191586/76‑1 (MQ=255) | ACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACA > REL606/3876001‑3876145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |