| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,886,204 | G→A | intergenic (‑34/+635) | yobF ← / ← yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,886,204 | 0 | G | A | 98.8% | 320.8 / ‑4.2 | 80 | intergenic (‑34/+635) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (39/40); total (40/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
TGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATA > REL606/1886133‑1886275 | tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCtattat < 2:1689138/76‑1 (MQ=255) gtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATc > 1:1488574/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATca > 1:642782/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 2:1530826/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca < 2:1725776/76‑1 (MQ=255) aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACAt > 2:1231942/1‑76 (MQ=255) cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 2:758243/76‑1 (MQ=255) cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 2:212599/76‑1 (MQ=255) 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1:1745136/76‑1 (MQ=255) gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg > 2:678387/1‑76 (MQ=255) gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg < 1:222901/76‑1 (MQ=255) aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:1893855/76‑1 (MQ=255) aaTCTATTATCACACACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:1849948/76‑1 (MQ=255) aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 2:1874635/1‑76 (MQ=255) aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 2:1805571/1‑76 (MQ=255) | TGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATA > REL606/1886133‑1886275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |