| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,563,085 | 0 | T | G | 32.6% | 72.1 / 19.5 | 46 | T193T (ACA→ACC) | yfgA | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/26); new base G (15/0); total (20/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATTTGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCG > REL606/2563012‑2563158 | cATTTGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGgtgt < 1:23156/76‑1 (MQ=255)cATTTGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGgggt > 2:1573569/1‑76 (MQ=255) tttGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGgtt > 2:428253/1‑76 (MQ=255) tttGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGttt > 1:1399651/1‑76 (MQ=255) ttGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTg > 2:1318821/1‑76 (MQ=255) tGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTgg > 2:1790380/1‑75 (MQ=255) cTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCgtg < 2:793213/76‑1 (MQ=255) cTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGCggg > 2:57920/1‑74 (MQ=255) gCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGGGTgtt > 2:712416/1‑76 (MQ=255) ggCGAACCAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgttggttg < 2:1562553/76‑1 (MQ=255) gCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGc < 1:123812/76‑1 (MQ=255) aacaacCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGgta > 2:1374635/1‑76 (MQ=255) caacCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGCGGGGTGGTTGCGggagg > 2:1579520/1‑75 (MQ=255) aaacCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGGTGGTGCTGGAGAAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgtagt < 2:420802/75‑1 (MQ=255) acCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTAt < 1:265198/76‑1 (MQ=255) cATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCcac < 2:1224899/76‑1 (MQ=255) aTTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGGTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCcaca > 1:1518342/1‑76 (MQ=255) aTTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGGTTGCGTGTTGGGTGCGGGAGTATCcacc > 1:221773/1‑75 (MQ=255) aTTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCcaca > 1:1532816/1‑76 (MQ=255) aTTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGGTGCGGTAGTATCcacc > 1:1085108/1‑75 (MQ=255) cTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGAc < 2:1522094/76‑1 (MQ=255) cTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGGGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGAc > 1:1978679/1‑76 (MQ=255) tGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGCGGGTTGGGTGCGGGAGTATCCACAGACg > 2:1002950/1‑76 (MQ=255) ttGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGGTGCGGGAGTATCCACCAACGcc > 2:1225576/1‑75 (MQ=255) ttGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGAGCAGTTACGGCAGGTGTTTTCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGcc > 2:1937211/1‑75 (MQ=255) tGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGTAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACGCTg > 2:1805208/1‑76 (MQ=255) tGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGGGGGAGTATCCACAGACGCTg > 1:680014/1‑76 (MQ=255) ggATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTggcg < 1:914384/76‑1 (MQ=255) gATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACGCTggcgg > 1:1769397/1‑76 (MQ=255) aTCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGGGGTAGGATCCACAGACGCcggcggg > 2:332906/1‑75 (MQ=255) aTCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACGCTgggggg > 1:286079/1‑75 (MQ=255) aTCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGGTGCGGGAGGATCCACAGACGCTgggggg > 1:1252801/1‑75 (MQ=255) tCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGGATCCACAGACGCTGgcggcg > 1:465133/1‑76 (MQ=255) cAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACGCTGgcggcgg > 2:282635/1‑75 (MQ=255) ccggCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTgg < 2:1318529/73‑1 (MQ=255) aCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCGGGTGTTTGCGTGTTGGGTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTgg < 2:660819/76‑1 (MQ=255) aCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTgg < 1:799592/76‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCggggg > 1:923909/1‑75 (MQ=255) aGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGAc < 2:1501122/76‑1 (MQ=255) gcgggTGCTGGCGAAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTAGCGGCGTGGACg < 2:1305919/73‑1 (MQ=255) gCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACg < 2:1051863/76‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTg < 2:1529309/76‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGGGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGGGGCGTGGGCGGTg > 2:339743/1‑76 (MQ=255) gTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGt < 2:985032/76‑1 (MQ=255) gTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGt < 1:201274/76‑1 (MQ=255) gTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGGTGGTTGCGGTAGTATTCCCAGGAGCTTGCGGCGCGGTCGgtgt > 2:1419071/1‑76 (MQ=255) tGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTa < 2:954888/76‑1 (MQ=255) cTGGCGGAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCGGGCGGCGTGGACGTTGTAGc < 1:410643/76‑1 (MQ=255) tGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGcc < 1:1972680/76‑1 (MQ=255) gcgcAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCgg < 2:200682/76‑1 (MQ=255) aGTTACGGCTGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCt < 1:1440016/76‑1 (MQ=255) gTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTg < 1:487486/76‑1 (MQ=255) tACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACGCTGGCGGGGGGGACGGTGTGGCCGGGGCTGTa > 2:88390/1‑76 (MQ=255) cGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGt < 1:1823416/76‑1 (MQ=255) cGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGt > 2:66438/1‑76 (MQ=255) cGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGt < 1:1859377/76‑1 (MQ=255) ggCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGtt < 1:8835/76‑1 (MQ=255) ggaGGTTTTTGCGTGTGGGTTGCGGTAGTGTCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTg < 2:394914/74‑1 (MQ=255) gCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTg < 2:613512/76‑1 (MQ=255) cAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGt > 2:465459/1‑76 (MQ=255) gggTGTTTGCGTGTTGTTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTc < 2:1196381/75‑1 (MQ=255) aGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTc < 2:372867/76‑1 (MQ=255) aGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTc > 2:1865435/1‑76 (MQ=255) ggTGTTTGCGTGTTGGTGGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCg < 2:1427668/76‑1 (MQ=255) | CATTTGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCG > REL606/2563012‑2563158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |