Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	REL606	4,487,226	A→G	L16L (TTA→TTG)	yjhC →	predicted oxidoreductase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	4,487,226	0	A	G	95.5%	360.3 / 2.0	89	L16L (TTA→TTG)	yjhC	predicted oxidoreductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (2/2);  new base G (28/57);  total (30/59)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TCCGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTAGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGGAGAAAATATTGC  >  REL606/4487153‑4487300                                                                          |                                                                           tCCGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGc                                                                          >  1:1903077/1‑76 (MQ=255) tCCGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGc                                                                          <  1:1606915/76‑1 (MQ=255)   cGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTc                                                                        <  2:998961/76‑1 (MQ=255)   cGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTc                                                                        <  2:1756710/76‑1 (MQ=255)   cGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTc                                                                        <  2:1322986/76‑1 (MQ=255)   cGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTc                                                                        <  2:1361102/76‑1 (MQ=255)   cGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTc                                                                        <  1:1375118/76‑1 (MQ=255)     tGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTAGCTCGt                                                                      >  1:611391/1‑76 (MQ=255)        cTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGtttt                                                                   >  2:1494663/1‑76 (MQ=255)        cTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGtttt                                                                   >  1:430572/1‑76 (MQ=255)        cTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGtttt                                                                   <  1:430992/76‑1 (MQ=255)         tAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTa                                                                  <  2:1658570/76‑1 (MQ=255)          aaaTGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTAGCTCGTTTTAt                                                                 <  1:1340673/76‑1 (MQ=255)           aaTGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATg                                                                <  2:869182/76‑1 (MQ=255)             tGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGaa                                                              <  1:1359247/76‑1 (MQ=255)             tGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGaa                                                              >  1:21277/1‑76 (MQ=255)              gATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTTTGAat                                                             >  1:41790/1‑76 (MQ=255)              gATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAat                                                             >  2:38658/1‑76 (MQ=255)                ttGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAatat                                                           <  2:1677463/76‑1 (MQ=255)                 tGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATg                                                          <  1:292144/76‑1 (MQ=255)                 tGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATg                                                          <  1:1106877/76‑1 (MQ=255)                  ggAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGc                                                         >  2:1712549/1‑76 (MQ=255)                   gAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCa                                                        >  1:99368/1‑76 (MQ=255)                   gAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCa                                                        <  2:1291578/76‑1 (MQ=255)                    aGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCAt                                                       >  1:231759/1‑76 (MQ=255)                     ggCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATg                                                      <  1:1750847/76‑1 (MQ=255)                         ttATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATaa                                                  >  1:1380427/1‑76 (MQ=255)                          tATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAAt                                                 <  2:1359441/76‑1 (MQ=255)                           aTGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATg                                                >  2:1164905/1‑76 (MQ=255)                            tGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGc                                               <  1:1938940/76‑1 (MQ=255)                            tGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGc                                               <  2:2002976/76‑1 (MQ=255)                            tGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGc                                               <  1:37757/76‑1 (MQ=255)                            tGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGc                                               >  2:392712/1‑76 (MQ=255)                            tGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGc                                               <  2:465455/76‑1 (MQ=255)                            tGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGc                                               <  1:633600/76‑1 (MQ=255)                             gATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCa                                              <  1:1555618/76‑1 (MQ=255)                             gATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCa                                              <  2:382589/76‑1 (MQ=255)                             gATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCa                                              <  2:492898/76‑1 (MQ=255)                             gATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCa                                              <  2:620193/76‑1 (MQ=255)                              attaattaTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCaa                                             <  2:76564/76‑1 (MQ=255)                              attaattaTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCaa                                             <  1:1545826/76‑1 (MQ=255)                               ttaattaTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCaaa                                            <  2:868446/76‑1 (MQ=255)                               ttaattaTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCaaa                                            <  1:1426677/76‑1 (MQ=255)                                taattaTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCaaaa                                           >  1:1967811/1‑76 (MQ=255)                                  attaTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAAt                                         <  1:847950/76‑1 (MQ=255)                                  attaTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAAt                                         <  1:294612/76‑1 (MQ=255)                                     aTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTAc                                      >  2:1913789/1‑76 (MQ=255)                                     aTGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTAc                                      <  1:132576/76‑1 (MQ=255)                                       ggCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACAt                                    >  2:719426/1‑76 (MQ=255)                                         cGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAat                                                             <  2:464913/49‑1 (MQ=255)                                         cGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGATTTTTGAat                                                             >  1:464913/1‑49 (MQ=255)                                          gttgttGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACAtgtg                                 >  1:1076520/1‑76 (MQ=255)                                          gttgttGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACAtgtg                                 <  2:63639/76‑1 (MQ=255)                                          gttgttGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACAtgtg                                 >  2:1303046/1‑76 (MQ=255)                                          gttgttGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACAtgtg                                 <  1:972882/76‑1 (MQ=255)                                          gttgttGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACAtgtg                                 <  2:1085305/76‑1 (MQ=255)                                           ttgttgGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATgtgt                                >  1:930463/1‑76 (MQ=255)                                           ttgttgGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGCTTTTTTAATATGGATGATAAAGCAAAAATTACAtgggg                                >  2:1250720/1‑73 (MQ=255)                                            tgttggtgtttgATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGta                               >  1:1301919/1‑76 (MQ=255)                                            tgttggtgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGta                               >  2:507095/1‑76 (MQ=255)                                             gttggtgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACAtgtgntt                              <  2:1467553/76‑4 (MQ=255)                                             gttggtgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGGTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGtat                              >  1:293642/1‑76 (MQ=255)                                              ttggtgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGtata                             <  1:758443/76‑1 (MQ=255)                                               tggtgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATAc                            <  1:1190739/76‑1 (MQ=255)                                               tggtgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATAc                            <  1:1582923/76‑1 (MQ=255)                                                 gtgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGa                          >  1:1003873/1‑76 (MQ=255)                                                  tgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGAt                         <  2:480566/76‑1 (MQ=255)                                                  tgttggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGAt                         <  2:1677282/76‑1 (MQ=255)                                                     tggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCt                      <  2:650253/76‑1 (MQ=255)                                                     tggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCt                      >  2:1389987/1‑76 (MQ=255)                                                     tggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCt                      <  2:425709/76‑1 (MQ=255)                                                     tggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCt                      <  1:1783716/76‑1 (MQ=255)                                                      ggATACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTg                     >  1:1422030/1‑76 (MQ=255)                                                      ggATACTTTGGCGCTGAATTAGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTg                     <  1:115331/76‑1 (MQ=255)                                                        aTACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGaa                   <  2:258877/76‑1 (MQ=255)                                                        aTACTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGaa                   <  2:1748666/76‑1 (MQ=255)                                                          acgttGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGaaaa                 <  2:495761/73‑1 (MQ=255)                                                           cTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAAt                <  2:1002169/76‑1 (MQ=255)                                                           cTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAAt                <  2:179381/76‑1 (MQ=255)                                                           cTTTGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAAt                >  1:1444393/1‑76 (MQ=255)                                                             ttGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATgg              >  2:404976/1‑76 (MQ=255)                                                             ttGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATgg              <  2:2006848/76‑1 (MQ=255)                                                             ttGGCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATgg              <  2:1677887/76‑1 (MQ=255)                                                               ggCGCTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGgag            <  1:1612486/76‑1 (MQ=255)                                                                gcgcTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGgaga           >  1:1286291/1‑76 (MQ=255)                                                                gcgcTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGgaga           <  1:709388/76‑1 (MQ=255)                                                                  gcTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGGAGaaa         <  1:420696/76‑1 (MQ=255)                                                                   cTGAATTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGGAGaaaa        <  2:1660475/76‑1 (MQ=255)                                                                       aTTGGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGGAGAAAATAtt    <  1:197894/76‑1 (MQ=255)                                                                         tAGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGGAGAAAATATTGc  >  1:1941709/1‑76 (MQ=255)                                                                          |                                                                           TCCGTGGCTAAATGATTGGAGGCTTTATGATTAATTATGGCGTTGTTGGTGTTGGATACTTTGGCGCTGAATTAGCTCGTTTTATGAATATGCATGATAATGCAAAAATTACATGTGTATACGATCCTGAAAATGGAGAAAATATTGC  >  REL606/4487153‑4487300

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑