| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,105,116 | (A)8→7 | intergenic (+77/+135) | ECB_01993 → / ← ECB_01994 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,105,109 | 0 | A | . | 95.3% | 188.8 / 5.3 | 44 | intergenic (+70/+142) | ECB_01993/ECB_01994 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base . (22/19); minor base C (0/2); total (22/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
ATATAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCAAAAAAAATAATTATTTGATGTTATATTTATATGCCATCACATCTTTTAACTCCAGTTGTTACGGGGAGGAC > REL606/2105034‑2105180 | atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa > 2:453628/1‑76 (MQ=255)atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa > 2:1870054/1‑76 (MQ=255)atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa < 2:242685/76‑1 (MQ=255)atatAAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCa < 2:1201227/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaa < 2:282432/76‑1 (MQ=255) tataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaa < 2:40800/76‑1 (MQ=255) ataAAAACACTTAACTACAGATACTCCTAACTTTGTATCTGACG‑CCCCTCACCCTAAATTAAGGGTGAGGGGCaaa < 2:108417/76‑1 (MQ=255) aaaaaacCACTAAACTACAGATCCTCCTAACTTGGTACCTGCCC‑CCCCCCCCCAAAAATTAGGGGTGAGGGGCaaa < 2:1485762/74‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |