| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 56 (0.990) | 46/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 62 (1.100) | 49/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774120‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGG > REL606/4524522‑4524593 CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:1174666/76‑1CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:551060/76‑1CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:891369/1‑76CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:1678408/76‑1CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:955653/76‑1 ganAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:1316500/4‑76 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:153772/76‑1 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:1565015/76‑1 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:1566262/76‑1 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:1171222/76‑1 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:1512759/76‑1 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:1326661/76‑1 CGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAGCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC > 2:56868/1‑76 GAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC > 1:1424967/1‑76 GCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCA < 2:713057/76‑1 CATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA < 1:751446/76‑1 CGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC > 1:1538836/1‑76 GTCTTAAGGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 2:1420802/76‑1 GTCTTAACGAGGCACCGGGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 2:1083616/76‑1 GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 2:80773/76‑1 TCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG < 2:59331/76‑1 TAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT < 2:341973/76‑1 AACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTG < 1:280831/76‑1 ACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC > 2:693033/1‑76 GAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG < 1:1385928/76‑1 GGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT < 1:528205/76‑1 GGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT > 1:1658634/1‑76 CACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA < 1:266434/76‑1 CACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA < 1:390690/76‑1 CCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG > 1:1652292/1‑76 GAGGCGTCGCATTCTTGAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG > 1:1741172/1‑76 GAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG > 1:546717/1‑76 GCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT < 1:1737783/76‑1 GCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT < 2:1545019/76‑1 CGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGNTG < 2:1322532/76‑1 CGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG > 2:657622/1‑76 GTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC < 1:1605421/76‑1 CATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC > 2:1013249/1‑76 CATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC > 2:372978/1‑76 ATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCT < 2:1516562/76‑1 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAA < 1:876344/76‑1 TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAG < 2:391428/76‑1 TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCCGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAG < 2:1445484/76‑1 CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGG > 2:1817606/1‑76 ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTC < 1:250361/76‑1 TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCA < 2:1135693/76‑1 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAG < 2:1095326/76‑1 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAG > 1:800980/1‑76 GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGT > 2:1334419/1‑76 TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTA > 2:1475685/1‑76 TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAT > 2:383333/1‑76 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATC > 1:640322/1‑76 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCA < 2:1394850/76‑1 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAA < 1:1472871/76‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACC > 2:1548615/1‑76 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCT < 2:978426/76‑1 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTA > 2:1785346/1‑76 GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAC < 2:670142/76‑1 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACC > 2:1076297/1‑76 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACC > 2:721274/1‑76 AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCA < 2:1615687/76‑1 AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCA < 2:1166954/76‑1 AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCA < 1:693033/76‑1 GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAG < 2:127344/76‑1 CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGG > 2:1723773/1‑76 CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTT > 1:497088/1‑76 CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTT > 1:1735853/1‑76 CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTT > 2:262942/1‑76 tgATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGCCCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTC < 2:1621782/74‑1 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCA < 1:899694/76‑1 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCA > 2:809828/1‑76 ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAG > 1:741073/1‑76 TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAATGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGG > 1:204752/1‑76 TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGG > 2:240778/1‑76 CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774120‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGG > REL606/4524522‑4524593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |