| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | REL606 | 3893610–3894994 | 3901930 | 6937–8321 | 18 [16] | [0] 83 | [insJ‑5]–[yieO] | [insJ‑5],insK‑5,rbsD,rbsA,rbsC,rbsB,rbsK,rbsR,[yieO] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3652533 | NA (NA) | 79 (1.380) | 56/146 | 0.0 | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | REL606 | 3901931 = | 0 (0.000) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system | |||||
ATTGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAA > REL606/3901856‑3902005 | tctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag > 1:1290278‑M2/76‑76 (MQ=255) ctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg < 1:789316‑M2/2‑1 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagta < 2:209627‑M2/3‑3 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagta < 2:482681‑M2/3‑3 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagta < 1:370922‑M2/3‑3 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagta < 1:908643‑M2/3‑3 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagta < 2:1430965‑M2/3‑3 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:492299‑M2/74‑76 (MQ=255) gactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt < 2:695522‑M2/4‑1 (MQ=255) gactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt < 1:1410450‑M2/4‑1 (MQ=255) gactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt < 2:1808795‑M2/4‑1 (MQ=255) actccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTg < 1:1626474‑M2/5‑1 (MQ=255) actccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTg < 2:462884‑M2/5‑1 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc < 1:955129‑M2/6‑1 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtaccGGTTGCCCa > 2:697143‑M2/68‑76 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTgcccn < 1:1122505‑M2/9‑2 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa < 1:492056‑M2/9‑1 (MQ=255) attgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg < 2:421205‑M2/11‑1 (MQ=255) ttgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt < 1:1535404‑M2/12‑1 (MQ=255) ttgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt > 2:9476‑M2/65‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 1:118735‑M2/64‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 1:809680‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 1:1083563‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 2:952434‑M2/13‑1 (MQ=255) aatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc > 2:1839730‑M2/62‑76 (MQ=255) aatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc > 1:1776997‑M2/62‑76 (MQ=255) aatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc > 1:1400467‑M2/62‑76 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc < 1:1501889‑M2/16‑1 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 2:671013‑M2/60‑76 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 2:105935‑M2/60‑76 (MQ=255) tcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGc < 1:1060196‑M2/19‑1 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 2:702765‑M2/20‑1 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc > 1:1578589‑M2/56‑76 (MQ=255) gaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGAGACAAGCAcg > 1:1285176‑M2/55‑76 (MQ=255) aatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgc > 1:645143‑M2/54‑76 (MQ=255) aatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgc > 1:356854‑M2/54‑76 (MQ=255) atcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:407543‑M2/24‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccgc > 2:926655‑M2/51‑76 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccgc > 1:1525985‑M2/51‑76 (MQ=255) gacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa > 1:421594‑M2/49‑76 (MQ=255) gacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa < 1:165469‑M2/28‑1 (MQ=255) acctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa < 1:531467‑M2/29‑1 (MQ=255) acctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa < 1:932116‑M2/29‑1 (MQ=255) cctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg > 2:404385‑M2/47‑76 (MQ=255) cctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg < 2:147540‑M2/30‑1 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa > 2:160157‑M2/46‑76 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa < 1:1582311‑M2/31‑1 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc > 1:410093‑M2/44‑76 (MQ=255) tatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACg > 2:242857‑M2/43‑76 (MQ=255) atgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgg > 1:66509‑M2/42‑76 (MQ=255) atgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgg < 2:1589838‑M2/35‑1 (MQ=255) tgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg > 1:1599465‑M2/41‑76 (MQ=255) tcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCt > 2:814682‑M2/37‑76 (MQ=255) tttaactgtccaactttttgggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAAtt > 1:1525573‑M2/31‑76 (MQ=255) aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTgg > 1:535744‑M2/29‑76 (MQ=255) tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGccc < 1:223564‑M2/51‑1 (MQ=255) tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGccc > 1:645421‑M2/26‑76 (MQ=255) tgtacaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGccc > 2:1408884‑M2/26‑76 (MQ=255) tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCcca > 2:1631321‑M2/24‑76 (MQ=255) caactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacc > 2:1290640‑M2/22‑76 (MQ=255) aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacca < 2:1637550‑M2/56‑1 (MQ=255) ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGa < 1:488625‑M2/58‑1 (MQ=255) ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGa < 2:154799‑M2/58‑1 (MQ=255) ttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAcc > 1:2012‑M2/17‑76 (MQ=255) tttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAccc > 1:1779085‑M2/16‑76 (MQ=255) ttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCg > 2:299594‑M2/15‑76 (MQ=255) tggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCgg > 2:1612282‑M2/14‑76 (MQ=255) tggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCgg > 1:73702‑M2/14‑76 (MQ=255) ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGc > 1:70363‑M2/13‑76 (MQ=255) ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGc < 1:1366135‑M2/64‑1 (MQ=255) gggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCa < 1:569493‑M2/65‑1 (MQ=255) gggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCa > 1:553236‑M2/12‑76 (MQ=255) ggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCAt < 1:847314‑M2/66‑1 (MQ=255) ggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCAt < 1:9476‑M2/66‑1 (MQ=255) cagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGc < 1:1403810‑M2/69‑1 (MQ=255) agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCg > 2:678169‑M2/7‑76 (MQ=255) gtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGa < 2:559068‑M2/71‑1 (MQ=255) tacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGAc < 2:864377‑M2/72‑1 (MQ=255) tacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGAc < 1:1014315‑M2/72‑1 (MQ=255) caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaa < 2:645143‑M2/74‑1 (MQ=255) caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaa < 2:1589566‑M2/74‑1 (MQ=255) caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaa > 2:1745637‑M2/3‑76 (MQ=255) aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaaa > 1:1577098‑M2/2‑76 (MQ=255) | ATTGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAA > REL606/3901856‑3902005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |