| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,612,971 | T→C | intergenic (‑32/+151) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,612,971 | 0 | T | C | 98.6% | 906.6 / ‑1.1 | 212 | intergenic (‑32/+151) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (95/114); total (97/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAAT > REL606/3612896‑3613042 | gTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGt < 2:1184375/76‑1 (MQ=255)gTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGt < 2:418704/76‑1 (MQ=255) aGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAg < 2:921720/76‑1 (MQ=255) aGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAg < 2:636570/76‑1 (MQ=255) ggACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAgg > 1:1525309/1‑76 (MQ=255) ggACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAgg < 1:611976/76‑1 (MQ=255) ggACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAgg < 2:736625/76‑1 (MQ=255) ggACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAgg < 1:138861/76‑1 (MQ=255) aCCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGtt < 2:567631/76‑1 (MQ=255) aCCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGtt < 1:1703907/76‑1 (MQ=255) tGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATg > 1:960200/1‑76 (MQ=255) aGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGt < 1:203136/76‑1 (MQ=255) tAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTAc > 2:371716/1‑76 (MQ=255) tAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTAc > 1:1065918/1‑76 (MQ=255) tAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTAc > 1:734173/1‑76 (MQ=255) aaaGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTAcc > 2:1234989/1‑76 (MQ=255) aaaGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTAcc < 2:336209/76‑1 (MQ=255) aaaGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTAcc > 1:15070/1‑76 (MQ=255) aaGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCt < 1:1677397/76‑1 (MQ=255) aGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTg < 2:528968/76‑1 (MQ=255) ggCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGc < 2:1719262/76‑1 (MQ=255) gCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCg < 1:1654951/76‑1 (MQ=255) gCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCg < 2:980671/76‑1 (MQ=255) gCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCg > 2:308470/1‑76 (MQ=255) tAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCtt > 1:1013712/1‑76 (MQ=255) tAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCtt < 2:902658/76‑1 (MQ=255) tAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCtt > 2:1786162/1‑76 (MQ=255) tAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCtt < 1:757756/76‑1 (MQ=255) tAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCtt < 2:1032103/76‑1 (MQ=255) aaCAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaa < 2:1793328/76‑1 (MQ=255) aaCAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaa < 1:1591755/76‑1 (MQ=255) aaCAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaa < 1:230060/76‑1 (MQ=255) aaCAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaa < 1:1791812/76‑1 (MQ=255) nagagagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaaaa > 1:566683/2‑76 (MQ=255) cAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaaaa > 1:1265565/1‑76 (MQ=255) cAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaaaa < 1:685522/76‑1 (MQ=255) cAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTaaaa > 2:1854827/1‑76 (MQ=255) agagagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAAt > 1:779273/1‑76 (MQ=255) agagagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAAt > 2:412808/1‑76 (MQ=255) gagagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATa < 2:685056/76‑1 (MQ=255) agagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATaa < 1:927643/76‑1 (MQ=255) agagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATaa < 2:1392946/76‑1 (MQ=255) agagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATaa < 1:1456343/76‑1 (MQ=255) agagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTAACTGCGGCCTTAAAATaa > 1:420320/1‑76 (MQ=255) gagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAac < 2:823476/76‑1 (MQ=255) gagGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAac > 2:1148599/1‑76 (MQ=255) agGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAacn < 1:1084697/76‑2 (MQ=255) ggTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAacac < 1:247202/76‑1 (MQ=255) gTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAcc > 2:1763515/1‑76 (MQ=255) gTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAcc < 1:331839/76‑1 (MQ=255) ttttCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACcccc > 1:132939/1‑76 (MQ=255) ttttCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAccc < 2:15070/76‑1 (MQ=255) tttCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCa > 1:586048/1‑76 (MQ=255) ttCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAg < 2:1378760/76‑1 (MQ=255) tCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGa > 1:1474301/1‑76 (MQ=255) tCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGa > 1:519811/1‑76 (MQ=255) cATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGac < 2:1298418/76‑1 (MQ=255) aTAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGaca > 1:1032856/1‑76 (MQ=255) tAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGacaa > 2:1213939/1‑76 (MQ=255) aGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGacaac < 1:141671/76‑1 (MQ=255) gggTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGacaaca < 2:1460564/76‑1 (MQ=255) ggTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACAt < 2:1675998/76‑1 (MQ=255) ggTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACAt > 1:239935/1‑76 (MQ=255) tgtCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATca < 1:1845934/76‑1 (MQ=255) gtCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATcac < 1:474201/76‑1 (MQ=255) gtCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATcac > 1:1177997/1‑76 (MQ=255) tCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATcaca < 1:1742871/76‑1 (MQ=255) ccTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAg > 2:613380/1‑76 (MQ=255) ccTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAg > 2:1404562/1‑76 (MQ=255) ccTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAg < 1:897941/76‑1 (MQ=255) cTTTAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGa < 2:1496693/76‑1 (MQ=255) tttAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGaa > 1:1287173/1‑76 (MQ=255) tttAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGaa < 1:796530/76‑1 (MQ=255) tAGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAAt > 2:1542012/1‑76 (MQ=255) aGTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATg > 2:1124672/1‑76 (MQ=255) gTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGt > 2:1419535/1‑76 (MQ=255) gTAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGt < 1:1202337/76‑1 (MQ=255) tAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTa > 2:1817271/1‑76 (MQ=255) tAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTa > 2:299866/1‑76 (MQ=255) tAAAACCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAACGTa < 1:1031479/76‑1 (MQ=255) aaaaCCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTAc > 1:880609/1‑76 (MQ=255) aaaaCCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTAc > 2:144047/1‑76 (MQ=255) aCCACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTg < 2:1713982/76‑1 (MQ=255) ccACAGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTgg < 1:386501/76‑1 (MQ=255) cacaGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGa > 1:726756/1‑76 (MQ=255) cacaGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGa > 2:46352/1‑76 (MQ=255) acaGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGAt < 2:1085396/76‑1 (MQ=255) acaGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGAt > 2:602163/1‑76 (MQ=255) caGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATc < 1:1786162/76‑1 (MQ=255) caGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATc > 1:137331/1‑76 (MQ=255) caGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATc < 2:227192/76‑1 (MQ=255) aGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCa < 2:1102182/76‑1 (MQ=255) aGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCa > 1:509733/1‑76 (MQ=255) aGATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCa > 1:716329/1‑76 (MQ=255) gATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAt < 1:1357197/76‑1 (MQ=255) gATCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAt < 2:939787/76‑1 (MQ=255) aTCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATa < 1:923744/76‑1 (MQ=255) aTCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATa > 2:164212/1‑76 (MQ=255) tCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATaa < 1:1223134/76‑1 (MQ=255) tCTTGCAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATaa < 2:845138/76‑1 (MQ=255) | GTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAAT > REL606/3612896‑3613042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |