Predicted mutation
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RA	REL606	1,893,840	A→C	L91R (CTG→CGG)	proQ ←	putative solute/DNA competence effector

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	1,893,840	0	A	C	100.0%	195.7 / NA	47	L91R (CTG→CGG)	proQ	putative solute/DNA competence effector
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (22/25);  total (22/25)

CACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCC  >  REL606/1893769‑1893909                                                                        |                                                                      cACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTc                                                                   <  1:1001301/76‑1 (MQ=255)     cTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCg                                                               >  2:1768465/1‑76 (MQ=255)      tgtgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGc                                                              <  2:1635822/76‑1 (MQ=255)      tgtgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGc                                                              >  1:187671/1‑76 (MQ=255)         gCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATg                                                           <  2:191922/76‑1 (MQ=255)          ccTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATgg                                                          >  1:1535550/1‑76 (MQ=255)           cTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATggg                                                         <  1:1047758/76‑1 (MQ=255)           cTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATggg                                                         <  1:1845578/76‑1 (MQ=255)             gAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGtt                                                       >  2:135617/1‑76 (MQ=255)              aaCACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGtag                                                      <  2:1586376/76‑3 (MQ=255)              aaCACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTg                                                      >  1:747891/1‑76 (MQ=255)                  cgcgCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGt                                                  >  1:257063/1‑76 (MQ=255)                     gcTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCaa                                               <  2:1613603/76‑1 (MQ=255)                     gcTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCaa                                               <  2:199188/76‑1 (MQ=255)                      cTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAg                                              <  1:78423/76‑1 (MQ=255)                      cTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAg                                              >  2:1406407/1‑76 (MQ=255)                       tttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGa                                             >  1:1554267/1‑76 (MQ=255)                       tttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGa                                             >  1:1368546/1‑76 (MQ=255)                       tcncGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGa                                             >  2:1324244/4‑76 (MQ=255)                        ttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGag                                            >  2:1680505/1‑75 (MQ=255)                         tCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGCCAAGATc                                           >  1:175053/1‑76 (MQ=255)                          cGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCg                                          <  2:860476/76‑1 (MQ=255)                             ttcttcAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGaca                                       >  1:632053/1‑76 (MQ=255)                               cttcAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACAcg                                     <  2:217530/76‑1 (MQ=255)                               cttcAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACAcg                                     <  2:973735/76‑1 (MQ=255)                                   aaGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGtt                                 <  2:1876519/76‑1 (MQ=255)                                           tGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCggg                         >  1:1383276/1‑76 (MQ=255)                                           tGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCggg                         >  1:685890/1‑76 (MQ=255)                                            gCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGt                        <  2:398170/76‑1 (MQ=255)                                             cGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGtt                       <  2:1793891/76‑1 (MQ=255)                                              gAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGttt                      <  1:83622/76‑1 (MQ=255)                                              gAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGttt                      <  2:1554267/76‑1 (MQ=255)                                               aGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTa                     <  1:1232107/76‑1 (MQ=255)                                                  aTGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAaca                  >  1:887061/1‑76 (MQ=255)                                                  aTGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAaca                  <  1:840414/76‑1 (MQ=255)                                                   tGCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAacac                 <  2:1071564/76‑1 (MQ=255)                                                    gCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACAcc                <  2:394786/76‑1 (MQ=255)                                                    gCTCTACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACAcc                >  1:1833257/1‑76 (MQ=255)                                                      tctACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGt              >  2:1048059/1‑76 (MQ=255)                                                       ctACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTa             >  1:1762627/1‑76 (MQ=255)                                                       ctACATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTa             >  1:706826/1‑76 (MQ=255)                                                       ctACATCTTGCTCGTCCCGCTCTCCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTa             <  2:825627/76‑1 (MQ=255)                                                         aCATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTaaa           >  1:1582789/1‑76 (MQ=255)                                                          cATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAg          <  1:182201/76‑1 (MQ=255)                                                          cATGTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAg          <  1:1335475/76‑1 (MQ=255)                                                             gTTGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATa       <  1:745485/76‑1 (MQ=255)                                                              ttGCTCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATaa      >  2:1047174/1‑76 (MQ=255)                                                                  tCGTCCCGCTCTCCGCAGGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGcc  <  2:1812398/76‑1 (MQ=255)                                                                  tCGTCCCGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGcc  <  2:1363251/76‑1 (MQ=255)                                                                        |                                                                      CACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCC  >  REL606/1893769‑1893909

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑