| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,017,152 | A→C | K282N (AAA→AAC) | ycbS → | predicted outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,017,152 | 0 | A | C | 98.0% | 201.0 / NA | 50 | K282N (AAA→AAC) | ycbS | predicted outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (20/29); minor base T (0/1); total (20/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAAAGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTACA > REL606/1017079‑1017222 | aTTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACgg < 1:1023828/76‑1 (MQ=255) ttttttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACggg > 1:1038662/1‑76 (MQ=255) ttttttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACggg > 1:224271/1‑76 (MQ=255) ttttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTNTAGCTGGCGTCAGATGACAGCNTGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGtt > 1:254813/1‑76 (MQ=255) ttttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGtt < 1:609903/76‑1 (MQ=255) tttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGttt < 2:1160229/76‑1 (MQ=255) tttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGttt < 2:867619/76‑1 (MQ=255) tttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGttt < 2:540751/76‑1 (MQ=255) ttCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTg > 1:455223/1‑76 (MQ=255) aTAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGcc > 2:1064726/1‑76 (MQ=255) tAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAGCATGCTGCCAGANAGCCTGAGTGNGTTTGCGCCt < 2:1686206/76‑1 (MQ=255) aGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCtg < 2:1047155/76‑1 (MQ=255) gtgtCAGCTTTCGTGGTGTNCNGTTGGCGNCAGATGACAACATGCTGCCAGNCANCCTGAACGGGTTTGCGCCtgt < 2:254062/76‑1 (MQ=255) tgtCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCtgtg < 2:518236/76‑1 (MQ=255) gtCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTgtgg > 1:534462/1‑76 (MQ=255) gtCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTgtgg > 1:944084/1‑76 (MQ=255) tCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTgtggt < 2:1246341/76‑1 (MQ=255) tCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTgtggt > 1:321004/1‑76 (MQ=255) tttCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTg < 2:828508/76‑1 (MQ=255) tttCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTg < 2:788012/76‑1 (MQ=255) ttCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTgg < 2:470208/76‑1 (MQ=255) ttCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTgg > 2:618881/1‑76 (MQ=255) gtggtgTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTAt > 2:427921/1‑76 (MQ=255) gtggtgTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTAt < 2:176534/76‑1 (MQ=255) gtggtgTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTAt > 2:981317/1‑76 (MQ=255) gtgtGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGc < 2:505009/76‑1 (MQ=255) cAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCaaaa > 1:1174620/1‑76 (MQ=255) 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2:1689061/76‑1 (MQ=255) tGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAtata < 2:708430/76‑1 (MQ=255) tGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATa < 2:851284/76‑1 (MQ=255) acaacaTGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAAc > 1:951915/1‑76 (MQ=255) caacaTGCTGACAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCCGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACg < 2:576403/76‑1 (MQ=255) aacaTGCTGCGAGACCCCCGGCAGGGGCTTGCTCCTGTGCCGCGCGGGCTCGCCAAAAGCAATGCCCAGCTAACGa > 2:1081023/1‑76 (MQ=255) aTGCTGCCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTa < 1:980450/76‑1 (MQ=255) tgctgcCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTaa < 1:351630/76‑1 (MQ=255) gctgcCAGACAGCCTGAACGTGTTTGCGCCTGTGGGGCGGGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAg < 2:1365248/76‑1 (MQ=255) gctgcCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAg < 2:1420698/76‑1 (MQ=255) ctgcCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCNCAACCAATGCCCAGATAACGATTAAGc < 2:6405/76‑1 (MQ=255) tgcCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCa > 2:1022257/1‑76 (MQ=255) gcCAGACAGCCTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCaa < 1:325151/76‑1 (MQ=255) gcCAGACAGCCTGAACCGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCAAGATAACGATTAAGCaa > 2:554998/1‑76 (MQ=255) cTGAACGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTaca > 2:632487/1‑76 (MQ=255) | ATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGTCAGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAAAGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTACA > REL606/1017079‑1017222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |