| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2037848 = | 63 (1.080) | 10 (0.180) | 6/140 | 6.0 | 13.3% | coding (283/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
| ? | REL606 | 2038306 = | 72 (1.320) | coding (643/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATTCTCTCAG > REL606/2038231‑2038378 | cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATg < 1:284151/76‑1 (MQ=255) ccAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa < 1:1267320/76‑1 (MQ=255) ccAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa < 1:1267314/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa > 2:375436/1‑76 (MQ=255) aaTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAAc < 1:620764/76‑1 (MQ=255) aaTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAAc < 1:620766/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACa < 1:481602/76‑1 (MQ=255) cctCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAt > 1:1455736/3‑76 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAtt < 1:1105932/76‑1 (MQ=255) ctCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAtt < 1:1105946/75‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:1179148/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:390017/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:145017/76‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAAGGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAg < 1:1565123/76‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:427244/76‑1 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCt < 1:84392/76‑1 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt < 1:1863231/76‑1 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt < 1:1427454/76‑1 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt < 1:1427436/76‑1 (MQ=255) atGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGAt < 1:1516336/76‑1 (MQ=255) atGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGAt < 1:850209/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:1656582/76‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATa < 1:334462/76‑1 (MQ=255) gAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc < 1:172956/76‑1 (MQ=255) gAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc < 1:172975/76‑1 (MQ=255) gAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc > 2:1584765/1‑76 (MQ=255) aaaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAcc > 2:1450095/1‑76 (MQ=255) aaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCa < 1:1499104/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 2:1287199/76‑1 (MQ=255) gTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAAc > 1:738714/1‑76 (MQ=255) gTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAAc > 1:738694/1‑76 (MQ=255) gTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAAc < 1:1098487/76‑1 (MQ=255) tgcATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCg > 1:206198/3‑76 (MQ=255) tCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCg > 1:206184/1‑76 (MQ=255) tCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCg > 1:394118/1‑76 (MQ=255) tCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCg > 1:206170/1‑76 (MQ=255) aTGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTAt > 2:1351409/1‑76 (MQ=255) gACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtgtg < 2:1693238/76‑1 (MQ=255) acaATGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCt > 2:528895/1‑76 (MQ=255) caTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCta > 2:1426190/1‑76 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat < 2:482289/76‑1 (MQ=255) tGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTatat > 2:590046/1‑76 (MQ=255) tGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTatat < 1:1825457/76‑1 (MQ=255) tGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTatat < 1:1825437/76‑1 (MQ=255) tGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTatat > 2:122640/1‑76 (MQ=255) tttAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAAtt < 1:1455399/76‑1 (MQ=255) aaTATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTaaa > 2:344401/1‑76 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCa < 2:1521071/65‑1 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCa > 1:1521071/1‑65 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACt > 2:1663765/1‑76 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACt > 2:1149942/1‑76 (MQ=255) aaTTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGAcac > 1:215005/1‑74 (MQ=255) aaTTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTa < 2:563969/76‑1 (MQ=255) aaTTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTa < 1:1699728/76‑1 (MQ=255) aTTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTAc < 2:271923/76‑1 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa < 1:1193538/76‑1 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa < 1:170790/76‑1 (MQ=255) tCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGa < 1:1164544/76‑1 (MQ=255) cGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGaa < 1:170788/76‑1 (MQ=255) cGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGaa < 1:170809/76‑1 (MQ=255) ttgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATa > 2:595111/1‑76 (MQ=255) ttgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATa > 1:1619758/1‑76 (MQ=255) ttgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATa > 1:594455/1‑76 (MQ=255) tgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATaa < 2:1070394/76‑1 (MQ=255) tgttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATaa < 1:1002979/76‑1 (MQ=255) gttTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATaaa > 1:1409996/1‑76 (MQ=255) ttATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAAtt > 2:902784/1‑76 (MQ=255) ttATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAAtt > 2:902802/1‑76 (MQ=255) ttATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAAtt > 1:1216585/1‑76 (MQ=255) ttATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAAtt > 1:1756248/1‑76 (MQ=255) tATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtc > 2:1694228/1‑76 (MQ=255) cATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtctct > 1:992943/1‑76 (MQ=255) aTTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATtctctc > 2:1448068/1‑76 (MQ=255) tATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATTCTCTCAg < 2:754550/76‑1 (MQ=255) | CACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACTACGAATAAATTCTCTCAG > REL606/2038231‑2038378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |