Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,563,085 | 0 | T | G | 31.9% | 74.7 / 19.7 | 47 | T193T (ACA→ACC) | yfgA | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/27); new base G (15/0); total (20/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AACATTTGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCGAC > REL606/2563010‑2563160 | aaCATTTGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGgt < 1:114488/76‑1 (MQ=255) tttGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGttt > 1:691162/1‑76 (MQ=255) tttGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGttt < 2:1075675/76‑1 (MQ=255) tttGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGttt < 2:1252581/76‑1 (MQ=255) tGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGc > 1:519057/1‑76 (MQ=255) gCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCg > 1:1593125/1‑76 (MQ=255) tGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCgtgt > 1:1508672/1‑76 (MQ=255) tGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCgtgt > 1:832930/1‑76 (MQ=255) gAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGtggtgg > 2:1286803/1‑76 (MQ=255) gAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGCGGggtgg > 2:873998/1‑76 (MQ=255) aaGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgttggt < 2:1653315/76‑1 (MQ=255) aGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgttggtt < 2:756447/76‑1 (MQ=255) ggCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgttggttg < 1:281163/76‑1 (MQ=255) cGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTgttggttggg > 2:1645565/1‑74 (MQ=255) gAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGGTgggg > 2:1197623/1‑76 (MQ=255) gAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGCGCGGTGGGTGccg > 2:870698/1‑74 (MQ=255) aaaCAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgt < 2:1095342/76‑1 (MQ=255) aaaCAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTTCGGGTTGGTTggggg > 2:977156/1‑75 (MQ=255) aaaCAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTTCGGGGTGGTTggggg > 2:153746/1‑75 (MQ=255) aacaacCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgta < 2:1709254/76‑1 (MQ=255) acaacCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGGGTGGTGGTTGCggcgn > 2:1513841/1‑73 (MQ=255) caacCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGggagt > 1:943391/1‑76 (MQ=255) aacCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgtagta < 1:542716/76‑1 (MQ=255) ccGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATc < 1:744681/76‑1 (MQ=255) ccGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGGTGCGGGAGTATc > 1:263752/1‑76 (MQ=255) cTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGGTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCCCAGAc > 1:619630/1‑76 (MQ=255) tGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACg < 2:1017968/76‑1 (MQ=255) tGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGCGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACg > 1:1192006/1‑76 (MQ=255) cGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTggc < 1:1380448/76‑1 (MQ=255) ggATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGGTGGGGTGGTAGCCACAGAGGCggggg > 2:1453529/1‑74 (MQ=255) aTCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACGCTggcggg > 2:949854/1‑75 (MQ=255) tCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGGTGCGGTAGGATTCCCAGATGCGTgcggcg > 2:308640/1‑76 (MQ=255) cAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGt < 1:170914/76‑1 (MQ=255) aaCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTg < 2:1438665/76‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGa < 2:1284946/76‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGGGGCGGGGa > 2:1504523/1‑76 (MQ=255) aGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAATATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGAc < 2:157219/76‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGGTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGGCgg > 2:264103/1‑75 (MQ=255) tGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGGGTGTTGGTTTGGGTAGTATCCACAGACGCTTGCGGGGGGGGCGttttc > 2:1656942/1‑73 (MQ=255) tGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTa < 2:1271984/76‑1 (MQ=255) tGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTa < 2:770231/76‑1 (MQ=255) gCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAg < 2:1731568/76‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGGAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGGTGTAGc > 1:449507/1‑76 (MQ=255) tGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCCCAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGCAGcc > 1:449011/1‑76 (MQ=255) tGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGGGTGGGCGTTGTAGcc > 2:1007397/1‑76 (MQ=255) gcgcAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCgg < 1:662315/76‑1 (MQ=255) cAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGGCGGTGTAGCCggggg > 2:276898/1‑74 (MQ=255) aGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGTTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCt < 1:585366/76‑1 (MQ=255) aGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGGCGTTGTAGCCGGGGCt > 1:518771/1‑76 (MQ=255) gTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTg < 2:693449/76‑1 (MQ=255) ttACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGt < 2:1315569/76‑1 (MQ=255) ttACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGt < 2:1296343/76‑1 (MQ=255) ggCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGtt < 1:276898/76‑1 (MQ=255) cAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGt < 1:1264551/76‑1 (MQ=255) tgtgtTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCg > 2:1371139/2‑76 (MQ=255) ggTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCGCAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCg < 1:197710/76‑1 (MQ=255) ggTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCg < 1:1748188/76‑1 (MQ=255) gtgtTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCGa < 1:25252/76‑1 (MQ=255) tgtTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCGAc > 2:972774/1‑76 (MQ=255) | AACATTTGCCTGCGAAGGCGAAACAACCGCATTCTGTTGCGGATCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACGCTGGCGGCGTGGACGTTGTAGCCGGGTCTGTAGTTGTCGAC > REL606/2563010‑2563160 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |