New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2038074 = | 43 (0.640) | 8 (0.130) | 7/132 | 6.5 | 15.3% | coding (57/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
? | REL606 | 2038286 = | 50 (0.840) | coding (663/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACT > REL606/2038214‑2038360 | aacaacAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAAt > 1:1213239/1‑75 (MQ=255) aacaacAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAAt > 2:1339814/1‑75 (MQ=255) aacaacAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAAt > 2:1037707/1‑75 (MQ=255) caacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTc < 1:1008292/75‑1 (MQ=255) caacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTc < 1:496755/75‑1 (MQ=255) caacaaTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTc < 1:453599/75‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgt < 2:1451337/75‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgt < 2:1451330/75‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgt < 2:1451321/75‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTa < 2:973539/75‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTa < 2:973530/75‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTa > 2:1352825/1‑75 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTa < 1:1766093/75‑1 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATc < 1:1059851/75‑1 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATc < 1:957715/75‑1 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATc < 1:957688/75‑1 (MQ=255) cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTAt < 1:731864/75‑1 (MQ=255) ccAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGt < 1:1738253/75‑1 (MQ=255) ccAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGt < 1:614237/75‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa < 1:1344006/75‑1 (MQ=255) aaaTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa < 1:1843205/74‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAAc < 2:93083/75‑1 (MQ=255) aTCTTCCCTGAGATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAAc < 2:93095/75‑1 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAt < 1:1513400/75‑1 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAt < 1:1595146/75‑1 (MQ=255) ttCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAt > 2:1912723/1‑75 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAtt > 2:820266/1‑75 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt > 1:276098/1‑75 (MQ=255) cccTGATATGAAATATTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt > 1:276080/1‑75 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 2:439935/75‑1 (MQ=255) ccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 2:439944/75‑1 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:1814992/75‑1 (MQ=255) tatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTg > 2:1616874/1‑75 (MQ=255) tGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGCAACAATTTAGCTTGAt < 1:1209314/75‑1 (MQ=255) aaaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc < 1:320437/75‑1 (MQ=255) aaaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAc < 1:320427/75‑1 (MQ=255) aTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCa > 1:506748/1‑75 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaa < 2:1953221/75‑1 (MQ=255) gTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:1339814/75‑1 (MQ=255) gTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 2:1213239/75‑1 (MQ=255) ttCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAAc < 2:1201832/75‑1 (MQ=255) gACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtgt < 2:672912/75‑1 (MQ=255) acaTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTc > 1:805991/1‑75 (MQ=255) acaATGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTc > 2:1756863/1‑75 (MQ=255) aGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATc > 2:1506800/1‑75 (MQ=255) aGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATc < 1:1830951/75‑1 (MQ=255) aGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATc < 1:1261185/75‑1 (MQ=255) cTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCaa < 1:602568/75‑1 (MQ=255) cTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCaa > 1:5823/1‑75 (MQ=255) tttAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAAt < 2:1011396/75‑1 (MQ=255) ttAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAAtt > 2:1770901/1‑75 (MQ=255) atTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATg > 1:1277415/1‑75 (MQ=255) ttAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGa < 1:2038155/75‑1 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGAc < 1:2099914/75‑1 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGAc < 1:2099937/75‑1 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGAc < 1:300306/75‑1 (MQ=255) tAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGAc < 1:300327/75‑1 (MQ=255) aaTTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACt < 1:1686287/75‑1 (MQ=255) | AACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAAATGACT > REL606/2038214‑2038360 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |