| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,202,526 | T→G | K12Q (AAA→CAA) | iclR ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,202,526 | 0 | T | G | 98.3% | 235.6 / ‑3.3 | 60 | K12Q (AAA→CAA) | iclR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (15/44); total (16/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
ACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTC > REL606/4202454‑4202596 | aCTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTc < 2:226913/75‑1 (MQ=255)aCTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTc < 2:1862802/75‑1 (MQ=255)aCTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTCAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTc < 1:735487/75‑1 (MQ=255)aCTCCAGTAATGTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTc < 1:945288/75‑1 (MQ=255) cTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCt < 1:731357/75‑1 (MQ=255) tAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCcgcg < 2:1474913/75‑1 (MQ=255) tAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTGGCTGCcgcg > 1:529970/1‑75 (MQ=255) atgtCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTACGGTGGCCCCGGCGGGTTGTCTGCCGCGtt < 2:649406/72‑1 (MQ=255) tttCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTGGCTGCCGCGgtt > 1:1035166/1‑75 (MQ=255) cAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTcgc < 1:2145260/75‑1 (MQ=255) ccAGGCTTTAAAGACTAAACATGATCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAAATATGGGTTGTCTGCCGCTTTACGCGGGa < 2:2138943/75‑1 (MQ=255) aCGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAAt < 1:1297986/75‑1 (MQ=255) cgcgTTAAAGCCGGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTCCCGCGTTTCGCGGGAATg < 1:774405/75‑1 (MQ=255) cgTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATggg < 2:1662140/75‑1 (MQ=255) cgTTAAAGACGGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATggg < 1:1031784/75‑1 (MQ=255) gTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTTGCGGGGATgggg > 1:99636/1‑74 (MQ=255) ttAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGGATggggg > 2:1644232/1‑73 (MQ=255) aaGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGa < 1:1202841/75‑1 (MQ=255) aGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGAc < 1:208904/75‑1 (MQ=255) aGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGAc < 1:1502095/75‑1 (MQ=255) gACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGAcc < 2:637725/75‑1 (MQ=255) gACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGAcc < 2:1309317/75‑1 (MQ=255) cTGGACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCAt < 2:1555440/75‑1 (MQ=255) cTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCAt < 2:1490854/75‑1 (MQ=255) cTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCAt < 2:1213646/75‑1 (MQ=255) cTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCAt < 1:1903690/75‑1 (MQ=255) tGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATg < 1:2071883/75‑1 (MQ=255) gAACCAGTCCAGTCGCGGGTGGGGGTGCGCGGGCGGGTTGTCTGCCCCGTTTGGCGGGAATGGGTGCCGCCATGa < 2:261140/75‑1 (MQ=255) aaCCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGAc < 2:1612665/75‑1 (MQ=255) aaCCGGTCCAGTCGGTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGAc < 2:1579960/75‑1 (MQ=255) aCCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACa < 1:1616835/75‑1 (MQ=255) aCCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACa < 2:1501610/75‑1 (MQ=255) gTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGtct > 2:1980191/1‑75 (MQ=255) ccAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGGATGGGGGGGGCCATGACAGTCTcc > 1:1704930/1‑75 (MQ=255) gTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCttt < 2:558281/75‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTCGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCttt < 1:1549398/75‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGGGACCCTGACAGTCTCCttt > 2:1796774/1‑75 (MQ=255) tCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCtttt < 2:1953500/75‑1 (MQ=255) cGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCttttt < 2:1723296/75‑1 (MQ=255) gCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTGTCTGCCGCGGTTCGCGGGAAAGGGTGCGGCCATGACAGTCTCCtttttt > 2:1263037/1‑74 (MQ=255) ggTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGt < 1:307599/75‑1 (MQ=255) ggTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGt < 1:562253/75‑1 (MQ=255) ggTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGt < 1:1294539/75‑1 (MQ=255) ggTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGt < 2:674665/75‑1 (MQ=255) gTGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTa < 1:56917/75‑1 (MQ=255) tGCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGGATGGGGGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTAt > 2:974185/1‑75 (MQ=255) gCGGTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATc < 1:535120/75‑1 (MQ=255) ggTTGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGAGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGt < 2:1334883/75‑1 (MQ=255) ggTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGt < 1:1400049/75‑1 (MQ=255) ggTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGt < 1:644672/75‑1 (MQ=255) ggTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGGGCGACCATGACAGGCTCCTTTTTTTGTTTCGt > 1:1227462/1‑75 (MQ=255) gTGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCggg > 2:532670/1‑73 (MQ=255) tGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGGGCGGCCATGACAGTCTCCTTTTTCTTTTTCGTgg > 1:155310/1‑75 (MQ=255) tGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGGGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTgg > 1:290287/1‑75 (MQ=255) tGGCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGGGCGACCATGACAGGTTCCTTTTTTTGTATCGTgg > 2:383913/1‑75 (MQ=255) ggCAGCGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGa < 1:1246241/75‑1 (MQ=255) ggCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGa < 1:1891833/75‑1 (MQ=255) gCAACGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGaa < 2:74389/75‑1 (MQ=255) aaCGGCGGGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAt < 2:1414447/75‑1 (MQ=255) gttgcggGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtc > 2:2052158/4‑75 (MQ=255) cggcggGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGGATGGGTGCGGCCCTGACAGTCTCCTTTTTCTGTATTGTGGAAAttc > 2:1987191/1‑73 (MQ=255) ggcggGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtcat > 2:1091577/1‑75 (MQ=255) ggcggGTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtcat < 1:708824/75‑1 (MQ=255) gggTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTTTCGTGGAAAtcatttt > 1:329702/1‑75 (MQ=255) gggTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtcatttt < 1:676302/75‑1 (MQ=255) ggTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtcattttc > 1:1996765/1‑75 (MQ=255) ggTTGTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtcattttc > 2:1986376/1‑75 (MQ=255) | ACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTC > REL606/4202454‑4202596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |