| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,540,084 | A→G | I219T (ATT→ACT) | yddV ← | predicted diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,540,084 | 0 | A | G | 96.8% | 245.5 / ‑2.0 | 62 | I219T (ATT→ACT) | yddV | predicted diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (34/26); total (34/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
ACTTTACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGC > REL606/1540012‑1540152 | aCTTTACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCagta < 2:950381/75‑1 (MQ=255) cTTTACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCagtaa > 1:2112458/1‑75 (MQ=255) tttACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCagtaat > 1:1307311/1‑75 (MQ=255) ttACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATc < 1:425905/75‑1 (MQ=255) ttACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATc < 1:162301/75‑1 (MQ=255) ttACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATc < 1:149733/75‑1 (MQ=255) tACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCa < 2:269132/75‑1 (MQ=255) tACGCAGAATTTCATCGCCAATGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCa > 2:845570/1‑75 (MQ=255) 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2:595699/1‑75 (MQ=255) tgtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccgg < 1:1868285/75‑1 (MQ=255) tgtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccgg < 1:143316/75‑1 (MQ=255) gtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccggt > 1:518441/1‑75 (MQ=255) gtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccggt > 1:687694/1‑75 (MQ=255) gtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccggt > 1:84187/1‑75 (MQ=255) gtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccggt > 2:1944279/1‑75 (MQ=255) gtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccggt > 1:1457211/1‑75 (MQ=255) gtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccgga > 1:315252/1‑74 (MQ=255) ttATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTAccggtc < 1:1797252/75‑1 (MQ=255) 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1:493501/1‑75 (MQ=255) gTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATgg > 2:191585/1‑75 (MQ=255) gTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATgg < 1:1720154/75‑1 (MQ=255) gTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCACCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATgg > 2:1787013/1‑75 (MQ=255) gTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATAAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATgg > 1:112516/1‑75 (MQ=255) tATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATggg < 1:1359207/75‑1 (MQ=255) aTCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGc < 1:1081622/75‑1 (MQ=255) tCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCa > 1:1465857/1‑75 (MQ=255) cGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCaa < 2:1726117/75‑1 (MQ=255) cGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCaa < 2:1860010/75‑1 (MQ=255) 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2:2133256/1‑75 (MQ=255) tttGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGttt > 1:438328/1‑75 (MQ=255) tttGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGttt > 1:1507415/1‑75 (MQ=255) tttaaTTTATCATCTTCAGTAATCATCACTTACAGCTGTGTACCTTTCCTTTTGGCATGGTCAATTTCGCGTTTg < 1:110469/72‑1 (MQ=255) tGAATTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGa > 2:1339968/1‑75 (MQ=255) aaTTTATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAg > 2:1376457/1‑75 (MQ=255) tttATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGAt > 1:1401862/1‑75 (MQ=255) tATCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAg < 1:1285769/75‑1 (MQ=255) aTCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGt > 2:1872270/1‑75 (MQ=255) aTCAACGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGt < 2:84187/75‑1 (MQ=255) aaCGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCgg > 1:759548/1‑75 (MQ=255) aCGTCAGTAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGc > 1:290067/1‑75 (MQ=255) | ACTTTACGCAGAATTTCATCGCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGC > REL606/1540012‑1540152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |