New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2042137 = | 53 (0.930) | 6 (0.120) | 5/132 | 6.0 | 11.3% | coding (684/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) |
? | REL606 | 2042551 = | 48 (0.960) | coding (270/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGCTTTTTGAAT > REL606/2042065‑2042212 | gCTAGAGATCTGTTTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatat > 1:701419/1‑76 (MQ=255) gCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatat > 1:701425/1‑76 (MQ=255) cTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatata > 1:1302778/1‑76 (MQ=255) cTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatata < 1:646786/76‑1 (MQ=255) agagATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGatatata < 1:1577890/76‑1 (MQ=255) gaTCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATAttt < 2:235867/76‑1 (MQ=255) tCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGa < 1:1278099/76‑1 (MQ=255) tCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGa > 1:1731459/1‑76 (MQ=255) aTTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATaa < 1:1178268/76‑1 (MQ=255) aTTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATaa < 2:1378992/76‑1 (MQ=255) ttAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATaaa > 2:1532554/1‑76 (MQ=255) ttAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATaaa > 2:156355/1‑76 (MQ=255) aGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATaaaaa > 1:249582/1‑76 (MQ=255) ccTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGc < 1:1754365/76‑1 (MQ=255) gtAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCaa < 2:1810910/76‑1 (MQ=255) tAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAg > 1:97348/1‑76 (MQ=255) tAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAg > 2:340352/1‑76 (MQ=255) aaTTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTa < 2:258201/76‑1 (MQ=255) cccTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCa < 2:1031258/76‑1 (MQ=255) ccTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAg < 2:1731097/76‑1 (MQ=255) tACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCa > 1:543681/1‑76 (MQ=255) aCAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCaa > 1:406068/1‑76 (MQ=255) aGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTa > 1:156608/1‑76 (MQ=255) gCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCCGCAATTAg > 2:191319/1‑76 (MQ=255) cTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGt > 1:1527434/1‑76 (MQ=255) cTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGt < 1:1317246/76‑1 (MQ=255) ggtgTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGt < 1:134911/76‑1 (MQ=255) gtgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGtt > 2:59959/1‑76 (MQ=255) gtgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGtt < 1:656104/76‑1 (MQ=255) gtgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGtt > 2:59984/1‑76 (MQ=255) tgtAAAAAATTTTCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTa > 1:1721539/1‑76 (MQ=255) tgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTa > 1:1146140/1‑76 (MQ=255) tgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTa > 1:1045267/1‑76 (MQ=255) tgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTa < 1:35505/76‑1 (MQ=255) tgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTa < 1:239984/76‑1 (MQ=255) tgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTa > 1:1721569/1‑76 (MQ=255) tgtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTa > 1:1721558/1‑76 (MQ=255) gtAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTAc > 1:361702/1‑76 (MQ=255) aaaTTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTa < 2:16371/76‑1 (MQ=255) aTTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTaaa < 2:231604/76‑1 (MQ=255) ttCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATg < 2:1302778/76‑1 (MQ=255) cTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGaaaa > 1:1411466/1‑76 (MQ=255) ataATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATa < 1:866033/76‑1 (MQ=255) ataATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATa > 2:591846/1‑76 (MQ=255) ataATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATa > 2:1617064/1‑76 (MQ=255) ataATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATa < 1:869903/76‑1 (MQ=255) taattaatTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAg < 1:258082/76‑1 (MQ=255) aattaattGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGc < 1:1457324/76‑1 (MQ=255) aattaattGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCCAAATGAAAATAGc < 1:1457316/76‑1 (MQ=255) aattaattGATATATATGTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGc < 1:1457303/76‑1 (MQ=255) ttaattGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGCtt > 2:744684/1‑76 (MQ=255) gATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGCTTTTTGaa > 2:881884/1‑76 (MQ=255) gATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGCTTTTTGaa > 2:930919/1‑76 (MQ=255) atatatatTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGCTTTTTGAAt > 1:1754940/1‑76 (MQ=255) | GCTAGAGATCTGATTAGCCTGTGTAAATTGCCCTACAAGCTGTGGTGTAAAAAATTTCCCTATAATTAATTGATATATATTTGAATAAAAAGCTTCAAGTACTCCAGCAATTAGTAAGTTACTGCTAAATGAAAATAGCTTTTTGAAT > REL606/2042065‑2042212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |