| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 1,619,870 | IS150 (+) +3 bp | intergenic (‑107/+103) | hokD ← / ← ECB_01533 | small toxic polypeptide/conserved hypothetical protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 664688 = | NA (NA) | 102 (1.830) | 61/146 | 0.0 | 94.2% | noncoding (1/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | REL606 | = 1619872 | 6 (0.110) | intergenic (‑109/+103) | hokD/ECB_01533 | small toxic polypeptide/conserved hypothetical protein | |||||
| * | ? | REL606 | = 666130 | NA (NA) | 74 (1.290) | 43/150 | 0.3 | 92.2% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | REL606 | 1619870 = | 6 (0.110) | intergenic (‑107/+105) | hokD/ECB_01533 | small toxic polypeptide/conserved hypothetical protein | |||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GGCTAACCTACATGTGTCTAGCATGAAATTGGCCTCAGATTAATGTTAAGCGTCTTGCAGGACGCGTAATGTTAACTGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTGGTGTTCATGCCCGAGGCAGATAGCCTCAAGCACCCGCAGCCATTCTACTT > REL606/1619797‑1619947 | tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaAAc < 1:1560148‑M2/3‑1 (MQ=255)tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaAAc < 2:366915‑M2/3‑1 (MQ=255)ggCTAACCTACATGTGTCTAGCATGAAATTGGCCTCAGATTAATGTTAAGCGTCTTGCAGGACGCGTAATGTTAAc < 1:1337473/76‑1 (MQ=255) tAACCTACATGTGTCTAGCATGAAATTGGCCTCAGATTAATGTTAAGCGTCTTGCAGGACGCGTAATGTTAACtgt > 1:622887‑M2/1‑73 (MQ=255) tAACCTACATGTGTCTAGCATGAAATTGGCCTCAGATTAATGTTAAGCGTCTTGCAGGACGCGTAATGTTAACtgt > 1:1701275‑M2/1‑73 (MQ=255) tAACCTACATGTGTCTAGCATGAAATTGGCCTCAGATTAATGTTAAGCGTCTTGCAGGACGCGTAATGTTAACtgt > 1:332340‑M2/1‑73 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaAACTgg > 1:1476885‑M2/71‑76 (MQ=255) ccTACATGTGTCTAGCATGAAATTGGCCTCAGATTAATGTTAAGCGTCTTGCAGGACGCGTAATGTTAACTGGGGc > 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ctgtactgcacccattttgttggacgatgaaatggaatagcccctaatatgtcaaagccaaaatacccttttgaaa > 2:543451‑M2/1‑1 (MQ=255) cTGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTGGTGTTCATGCCCGAGGCAGATAGCCTCAAGCACCCGCAGCCATTCTACtt < 2:49373/76‑1 (MQ=255) | GGCTAACCTACATGTGTCTAGCATGAAATTGGCCTCAGATTAATGTTAAGCGTCTTGCAGGACGCGTAATGTTAACTGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTGGTGTTCATGCCCGAGGCAGATAGCCTCAAGCACCCGCAGCCATTCTACTT > REL606/1619797‑1619947 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |