New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2038074 = | 50 (0.870) | 5 (0.100) | 4/134 | 6.6 | 9.6% | coding (57/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
? | REL606 | 2038286 = | 50 (0.980) | coding (663/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGAAACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAA > REL606/2038211‑2038354 | aGAAACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTa > 1:849064/1‑76 (MQ=255) gAAACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTaa > 2:908688/1‑76 (MQ=255) aacaacAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAAtt < 1:1438111/76‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgtt < 1:939508/76‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgtt < 1:13117/76‑1 (MQ=255) aTTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCgttgtt < 1:482851/76‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTAt < 1:471646/76‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTAt < 1:471630/76‑1 (MQ=255) ccACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTAt > 1:1647122/1‑76 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTTTCa < 1:704100/76‑1 (MQ=255) aCTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCa < 1:346333/76‑1 (MQ=255) cTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCAt < 1:117365/76‑1 (MQ=255) ttCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTa < 1:1415811/76‑1 (MQ=255) cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATg > 2:1684446/1‑76 (MQ=255) cACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATg > 2:106708/1‑76 (MQ=255) aCCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGt < 1:85228/76‑1 (MQ=255) ccAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa > 1:712291/1‑76 (MQ=255) ccAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTa < 1:1747136/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTTATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 1:1466537/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 1:1466549/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 2:515070/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 1:906528/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCTGATATGAAATATTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 1:1466552/76‑1 (MQ=255) cAATCTTCCCCGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTaa < 1:1466541/76‑1 (MQ=255) tCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAAttt > 1:1512769/1‑76 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa > 1:1454940/1‑76 (MQ=255) cccTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTa < 1:897543/76‑1 (MQ=255) cTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGc < 1:1621016/76‑1 (MQ=255) tGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATATAACAATTTAGCt > 2:924637/1‑76 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt < 1:1692467/76‑1 (MQ=255) gATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCtt < 1:1692456/76‑1 (MQ=255) atatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTg > 2:916950/1‑76 (MQ=255) atatGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTCAGCTTg > 2:916962/1‑76 (MQ=255) atGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGAt > 1:989353/1‑76 (MQ=255) aaaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAcc < 1:293322/76‑1 (MQ=255) aaaTGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATAcc < 1:293306/76‑1 (MQ=255) tGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCaaa < 1:145267/76‑1 (MQ=255) aTGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTAt < 2:1281117/76‑1 (MQ=255) aaGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtg > 1:587731/1‑76 (MQ=255) aaGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtg > 1:1119578/1‑76 (MQ=255) aaGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtg > 2:800676/1‑76 (MQ=255) aGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCtgt > 2:1698240/1‑76 (MQ=255) ggggAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat < 1:461145/73‑1 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat < 1:461169/76‑1 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat < 1:700335/76‑1 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat < 1:700317/76‑1 (MQ=255) aTTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtat < 1:700297/76‑1 (MQ=255) ttGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACTATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCtata > 1:1279976/1‑76 (MQ=255) aGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCa < 1:208226/76‑1 (MQ=255) tttAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAAtt < 1:1373899/76‑1 (MQ=255) tAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTaa > 1:445186/1‑76 (MQ=255) tAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTaa > 1:445179/1‑76 (MQ=255) tAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTaa < 2:977378/76‑1 (MQ=255) | AGAAACAACAATTCCACTTTCACCAATCTTCCCTGATATGAAATGTTCCATGAAGACACATTGAGCTTTAATATTAATTCGTTGTTTATCATTATGTAACAATTTAGCTTGATACCAAACCGTATCTGTGTCTATATCAATTAA > REL606/2038211‑2038354 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |