| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,167,434 | T→C | V825A (GTT→GCT) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,167,434 | 0 | T | C | 97.3% | 144.4 / ‑5.5 | 37 | V825A (GTT→GCT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (21/15); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCT > REL606/4167361‑4167506 | gTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTa < 2:387447/76‑1 (MQ=255)gTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTCGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTa < 1:1538362/76‑1 (MQ=255) gTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAgg > 1:1080554/1‑76 (MQ=255) gACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACg < 1:837430/76‑1 (MQ=255) ccTGGTGGTTACAGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTAGCGAGGGTGGTGACGtt < 2:720266/76‑1 (MQ=255) ggtggtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTaaa > 1:1220379/1‑76 (MQ=255) tggtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAaga < 2:672916/76‑1 (MQ=255) tggtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAaga < 1:1468779/76‑1 (MQ=255) gtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGc > 1:843885/1‑76 (MQ=255) aCCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGc < 2:1526707/76‑1 (MQ=255) ccGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCt > 2:290183/1‑76 (MQ=255) aGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTgcgc < 1:784485/76‑1 (MQ=255) gATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATc > 2:1633481/1‑76 (MQ=255) gATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATc > 1:196510/1‑76 (MQ=255) aTTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATcg > 1:938186/1‑76 (MQ=255) tgtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATcgcg < 1:238830/76‑1 (MQ=255) gtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGt > 1:1121131/1‑76 (MQ=255) gtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGt > 1:596521/1‑76 (MQ=255) gtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGt > 1:852348/1‑76 (MQ=255) tgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTa > 1:397037/1‑76 (MQ=255) tgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTa > 2:1923714/1‑76 (MQ=255) aTGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCg > 1:1267171/1‑76 (MQ=255) tGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgt > 1:300671/1‑76 (MQ=255) tATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAct > 1:1825546/1‑76 (MQ=255) tATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAct < 2:1578914/76‑1 (MQ=255) tATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAct < 2:1806953/76‑1 (MQ=255) aTCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActg > 1:1420139/1‑76 (MQ=255) cATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActgct < 1:603182/76‑1 (MQ=255) atgatgACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActgctg > 1:702461/1‑76 (MQ=255) tgatgaCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGa > 2:1608448/1‑76 (MQ=255) tgatgaCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGa > 2:413493/1‑76 (MQ=255) tgaCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGa > 2:1839818/1‑76 (MQ=255) aCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACg < 1:1729010/76‑1 (MQ=255) aCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACg > 1:685153/1‑76 (MQ=255) aCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACg < 1:1279458/76‑1 (MQ=255) cGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCt < 2:1409528/76‑1 (MQ=255) cGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCt < 2:495545/76‑1 (MQ=255) | GTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCT > REL606/4167361‑4167506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |