| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 795,321 | (G)6→7 | intergenic (+26/+16) | ECB_00736 → / ← ECB_00737 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 795,315 | 1 | . | G | 90.6% | 244.0 / 16.9 | 64 | intergenic (+20/+22) | ECB_00736/ECB_00737 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base G (18/40); total (20/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
TTTGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑GGGGGGTACCCCCCTAATAAATCAGGATGTAATTATTTTTCTGATTTTATCGTTCTTCTCCAGAAAGTGATAA > REL606/795241‑795388 | tttGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑g > 1:1017860/1‑76 (MQ=255)tttGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑g < 1:910375/76‑1 (MQ=255)tttGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑g < 2:640760/76‑1 (MQ=255) ttGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑gg > 2:1129123/1‑76 (MQ=255) ttGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑gg < 1:1853236/76‑1 (MQ=255) ttGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑gg < 1:1853215/76‑1 (MQ=255) ttGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑gg > 2:756096/1‑76 (MQ=255) tGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑ggg > 1:239930/1‑76 (MQ=255) 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TTTGTCCTTAATTCCAGAAATAACCTGGCCAGAAAGGCCAGAGATAATACGTTGAAATTATGTGGTGTATTATTA‑GGGGGGTACCCCCCTAATAAATCAGGATGTAATTATTTTTCTGATTTTATCGTTCTTCTCCAGAAAGTGATAA > REL606/795241‑795388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |