| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,488,896 | T→G | E104A (GAA→GCA) | glpR ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,488,896 | 0 | T | G | 94.0% | 194.8 / 1.3 | 50 | E104A (GAA→GCA) | glpR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base G (27/20); total (30/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
CGTGTTAGCAACATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCAA > REL606/3488823‑3488965 | cGTGTTAGCAACATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGcc > 1:1571097/1‑76 (MQ=255) ttAGCAACATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCCGCGCGTGCGCCACCGCTGCCcgcg > 2:627926/1‑76 (MQ=255) ttAGCAACATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCg > 1:330757/1‑76 (MQ=255) gCAACATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCgtgg < 2:1489231/76‑1 (MQ=255) gCAACATTGAGATTGTTGGTGAAAATACGCAAATTGTTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCgtgg < 2:1864168/76‑1 (MQ=255) cAACATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCgtggt > 2:1004800/1‑76 (MQ=255) aaCATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCgtggtg < 2:724699/76‑1 (MQ=255) aaCATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCgtggtg < 2:1528202/76‑1 (MQ=255) aaCATTGAGATTGGTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCgtggtg < 2:171632/76‑1 (MQ=255) aCATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGc > 1:1218819/1‑76 (MQ=255) aCATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGc < 2:753839/76‑1 (MQ=255) aCATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGc > 1:1437700/1‑76 (MQ=255) cATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGcc > 2:1368185/1‑76 (MQ=255) aTTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCg < 2:1403407/76‑1 (MQ=255) tGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGat < 1:580066/76‑1 (MQ=255) agtttgttgGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGatat < 2:1165940/73‑1 (MQ=255) agaTTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGatat > 2:976752/1‑76 (MQ=255) tgttgGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGAt > 1:732570/1‑76 (MQ=255) ttgGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATaa < 2:118552/76‑1 (MQ=255) tgGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATaaa > 1:1533039/1‑76 (MQ=255) tgGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATaaa > 1:1668101/1‑76 (MQ=255) tGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAg > 1:369054/1‑76 (MQ=255) tGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGAGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAg > 2:481278/1‑76 (MQ=255) gACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAgt > 1:1219216/1‑76 (MQ=255) aCAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAgtg > 2:508546/1‑76 (MQ=255) cAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTTCCGGCGCGGTGCCGCTATCGATAAACAgtgt > 2:1205192/1‑76 (MQ=255) aaTACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTc > 2:1570195/1‑76 (MQ=255) aTACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCg > 1:1873005/1‑76 (MQ=255) tACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGa < 1:765748/76‑1 (MQ=255) tACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGa < 2:1876647/76‑1 (MQ=255) tACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGa < 1:1123877/76‑1 (MQ=255) aCGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAg < 1:635346/76‑1 (MQ=255) aCGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAg > 2:683470/1‑76 (MQ=255) cGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGc < 2:944497/76‑1 (MQ=255) cGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGc > 1:1342098/1‑76 (MQ=255) cAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCa < 2:1621616/76‑1 (MQ=255) cAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCa > 2:74722/1‑76 (MQ=255) cAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCa > 1:1440878/1‑76 (MQ=255) aaTTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCAtt > 1:792881/1‑76 (MQ=255) tgATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGAttt > 1:1595527/1‑76 (MQ=255) gATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTg > 2:4743/1‑76 (MQ=255) aTTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGc < 1:729695/76‑1 (MQ=255) aTTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGGGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGc > 2:1559184/1‑76 (MQ=255) tAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGCTATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTc > 1:579621/1‑76 (MQ=255) cgcgTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACt > 2:640877/1‑76 (MQ=255) cgTGCGCCACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACttt < 2:518071/76‑1 (MQ=255) cgTGCCCCCCCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACttt < 2:551090/76‑1 (MQ=255) ccACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGc > 2:1876785/1‑76 (MQ=255) cACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCa > 2:1333098/1‑76 (MQ=255) cACCGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCa > 2:1879047/1‑76 (MQ=255) cccGCTGCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCaa < 2:754387/75‑1 (MQ=255) | CGTGTTAGCAACATTGAGATTGTTGGTGACAATACGCAAATTGCTGTGATTAAGCAGCGCGTGCGCCACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGTGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCAA > REL606/3488823‑3488965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |