| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 63 (1.200) | 47/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 69 (1.320) | 51/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGA < REL606/4524527‑4524455 ttcATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:484162/4‑76GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1280812/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:336214/1‑76GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACAACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:594858/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:866056/76‑1 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:927238/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 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ATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA > 2:461816/1‑76 GGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAA < 1:703312/76‑1 GCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT < 1:756907/76‑1 CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA > 2:779694/1‑76 ACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA < 2:1594072/76‑1 ACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCACCGGTTGCAAAATAA < 1:168348/76‑1 CGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:800411/76‑1 CGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:861261/76‑1 CGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCCTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC < 1:1212957/76‑1 TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATGACGC < 1:131360/76‑1 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GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGG < 2:1238536/76‑1 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGG > 1:817030/1‑76 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGG > 2:686651/1‑76 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 2:100887/1‑76 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGT < 1:977951/76‑1 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCTTGGAACGGAATGTTA > 2:757048/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 2:1165814/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 2:757042/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGCAATGGTA > 2:612830/1‑76 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:885076/1‑76 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT < 2:1664655/76‑1 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTG > 2:531001/1‑76 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGCGTTGCGNCCCCCGTNGCNACNTAACGCGCTTGGAACGGAATGGTATTG > 1:1535981/1‑76 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 2:1692728/1‑76 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 1:1123693/1‑76 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCG < 2:698122/76‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTT < 2:914941/76‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTT < 1:1020926/76‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTT < 1:895293/76‑1 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTA < 2:1064708/76‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |