| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | REL606 | 1,332,137 | Δ27 bp | intergenic (+120/‑64) | topA → / → cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 1332136 | 1 (0.020) | 62 (1.150) | 49/148 | 0.1 | 98.4% | intergenic (+119/‑91) | topA/cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
| ? | REL606 | 1332164 = | 1 (0.020) | intergenic (+147/‑63) | topA/cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding | |||||
TCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACATGAAATTACAAC > REL606/1332089‑1332239 | ggcccttttttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttt < 1:725232‑M2/1‑1 (MQ=255)ggcccttttttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttt < 2:230899‑M2/1‑1 (MQ=255)ggcccttttttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttt < 2:1226565‑M2/1‑1 (MQ=255) ttcACGCCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATGAAATCGTATTAg < 2:76909/76‑1 (MQ=255) cttttttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTc > 2:900434‑M2/72‑76 (MQ=255) cttttttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTc < 2:563658‑M2/5‑1 (MQ=255) ttttttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCa < 2:1103471‑M2/6‑1 (MQ=255) ttttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCAcc > 1:1199097‑M2/69‑76 (MQ=255) ttattgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCg > 2:499784‑M2/67‑76 (MQ=255) attgcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGcc < 2:1674264‑M2/12‑1 (MQ=255) tgcatataattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGCCAg > 1:62996‑M2/63‑76 (MQ=255) gcatattattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGCCAgg < 1:503547‑M2/15‑1 (MQ=255) attattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGCCAGGtgtg > 1:135230‑M2/58‑76 (MQ=255) attattttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGCCAGGtgtg < 2:172569‑M2/19‑1 (MQ=255) attattttctcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGCCAGGtgtg > 1:1642041‑M2/58‑76 (MQ=255) attttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGCCAGGTGTGACg > 2:809058‑M2/55‑76 (MQ=255) attttttcttcacacctatacactaaggctataaatgatatagtggttatagttTAGTCACCCGCCAGGAGTGACg < 1:1643729‑M2/22‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |