| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,882,907 | T→G | L148* (TTA→TGA) | manZ → | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,882,907 | 0 | T | G | 97.9% | 195.5 / ‑4.1 | 47 | L148* (TTA→TGA) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (28/18); total (29/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATG > REL606/1882835‑1882978 | cGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAgg > 2:243100/1‑76 (MQ=255) aTCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTc > 2:888646/1‑76 (MQ=255) ctGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCgctg > 2:960791/1‑76 (MQ=255) ggAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGGCTGTGAGGTCCGCTGCTGt > 2:1116274/1‑76 (MQ=255) cGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGttcttc > 1:1534929/1‑76 (MQ=255) cGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGttcttc < 2:1209813/76‑1 (MQ=255) tACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCAt < 1:1447127/76‑1 (MQ=255) cGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGtt > 2:329879/1‑76 (MQ=255) ggTTTTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGttt < 2:1551073/76‑1 (MQ=255) ggTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGttt > 1:1099069/1‑76 (MQ=255) ggTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGttt < 2:1574956/76‑1 (MQ=255) gTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTa < 2:486634/76‑1 (MQ=255) aTTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAAc < 2:514577/76‑1 (MQ=255) aTTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAAc > 1:1309639/1‑76 (MQ=255) tttGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAAcc < 2:1165683/76‑1 (MQ=255) tGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTg > 2:196784/1‑76 (MQ=255) gcagcaCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg > 2:861558/1‑76 (MQ=255) cagcaCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGt < 2:1296392/76‑1 (MQ=255) cccTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCg < 2:1534929/74‑1 (MQ=255) cTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTc > 1:461720/1‑76 (MQ=255) tGGGTGCCGGTATCGCGATTAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt < 2:345539/76‑1 (MQ=255) tGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt < 1:1125849/76‑1 (MQ=255) tGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt < 1:1148988/76‑1 (MQ=255) tGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt > 1:93761/1‑76 (MQ=255) gggTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTg < 1:1020109/76‑1 (MQ=255) tGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCa < 2:1316493/76‑1 (MQ=255) tGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCa < 2:1518696/76‑1 (MQ=255) gTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCg > 1:350971/1‑76 (MQ=255) aTCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGtt > 2:846975/1‑76 (MQ=255) aTCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGtt > 2:256985/1‑76 (MQ=255) aTCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCCtt > 2:779457/1‑76 (MQ=255) cgATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTtacta > 1:1123240/1‑76 (MQ=255) gATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTtactac > 1:324751/1‑76 (MQ=255) aTGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACg > 2:1149694/1‑76 (MQ=255) gAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 2:1083119/1‑76 (MQ=255) aGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 2:1411636/76‑1 (MQ=255) cGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgta < 2:1105237/76‑1 (MQ=255) cGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgta < 1:1302426/76‑1 (MQ=255) cGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgta > 2:1215317/1‑76 (MQ=255) ggCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtag > 2:1375486/1‑76 (MQ=255) ggCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtag > 1:976661/1‑76 (MQ=255) cAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 1:1044406/1‑76 (MQ=255) cAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 2:675373/1‑76 (MQ=255) cAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 2:604552/1‑76 (MQ=255) cAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 2:188799/1‑76 (MQ=255) aGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcgt > 1:114746/1‑76 (MQ=255) cTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATg > 2:1534856/1‑76 (MQ=255) | CGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATG > REL606/1882835‑1882978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |