| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,448,098 | 0 | T | G | 29.2% | 99.6 / 14.1 | 49 | F278V (TTT→GTT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/30); new base G (14/0); total (18/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCGCGATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCATGGGTGATGGGTGTTCCTT > REL606/2448026‑2448173 | gCCGCGATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTg > 1:122986/1‑76 (MQ=255)gCCGCGATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGCTTg < 1:24530/76‑1 (MQ=255) ccGCGATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTgg > 2:620380/1‑76 (MQ=255) gcgATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCt > 2:368399/1‑76 (MQ=255) gcgATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCt > 2:1463966/1‑76 (MQ=255) cgATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTa > 2:1659328/1‑76 (MQ=255) gATACTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTAc < 1:1098661/76‑1 (MQ=255) aTGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACa < 1:813284/76‑1 (MQ=255) aTGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACa < 1:740332/76‑1 (MQ=255) tGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAg < 1:1463966/76‑1 (MQ=255) gCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGGTACAGc > 2:59363/1‑76 (MQ=255) cTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTTGCTTCAGCa > 2:946882/1‑76 (MQ=255) cTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACacaa > 2:1634970/1‑73 (MQ=255) cTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCa > 2:1634968/1‑76 (MQ=255) tGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCAt < 1:1596556/76‑1 (MQ=255) gATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTTGGTACCGCact > 2:1655982/1‑74 (MQ=255) tCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCAtatc < 1:1365348/76‑1 (MQ=255) ggCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTTGGTACAGCATCTccc > 1:518707/1‑75 (MQ=255) ggCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGGTACAGCCTCTccc > 1:975713/1‑75 (MQ=255) cTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCCTc > 2:625308/1‑76 (MQ=255) ttATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 2:1374151/76‑1 (MQ=255) tATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg < 2:122986/76‑1 (MQ=255) ccTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCTTCCCGGGCATc > 1:313787/1‑76 (MQ=255) gATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTg < 2:707669/76‑1 (MQ=255) gATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCTTCCCCGGCATCCTg > 2:1250517/1‑76 (MQ=255) tCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCTTCCACGGGCTCCTggg > 2:172871/1‑76 (MQ=255) ccgcGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTa < 2:555543/76‑1 (MQ=255) ccgcGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTa < 2:1045645/76‑1 (MQ=255) ccgcGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTa < 1:948219/76‑1 (MQ=255) gcTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACAtc < 2:813426/76‑1 (MQ=255) cTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCCGGGCATACTGGGCTACAtct > 1:778894/1‑76 (MQ=255) tGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGGTACAGCATCTTCCTCCACGGCATCCCTGGGTACAtctt > 2:445673/1‑76 (MQ=255) gAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACAtcttc < 2:975713/76‑1 (MQ=255) aaCGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACAtcttct < 2:1264834/76‑1 (MQ=255) aaCGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACAtcttct < 2:1593241/76‑1 (MQ=255) aaCGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACAtcttct < 1:1689452/76‑1 (MQ=255) aCGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTa < 1:559478/76‑1 (MQ=255) cACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATcc > 1:1470830/1‑76 (MQ=255) aCTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTCCATCTTCTATCCg < 2:1573761/76‑1 (MQ=255) aCTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCg < 1:1217602/76‑1 (MQ=255) aCTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCg < 2:1573771/76‑1 (MQ=255) cTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGa < 1:1490565/76‑1 (MQ=255) cTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCTTCCCGGGCATCCCGGGCTCCATCTTCTTTccca > 1:1032893/1‑74 (MQ=255) gTTTGCCACCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCTTCCCCGGCATCCTCGGCTACATCTTCTTTCCGAtt > 1:349454/1‑76 (MQ=255) tttGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTg < 2:1717346/76‑1 (MQ=255) gCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCat < 1:935279/76‑1 (MQ=255) ccACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTTTATCCGCTTGCatg > 2:485660/1‑76 (MQ=255) ccACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCatg < 2:91384/76‑1 (MQ=255) aCCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCatggg > 2:1770049/1‑76 (MQ=255) aCCGTTACTGGCTGGGTTGGCTACAGCATCTCCTTCCCGGGCATCCTGGGCCACATCTTCTATCCGATTGCatggg > 2:449711/1‑76 (MQ=255) gTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCCGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCatgggggg > 2:1671756/1‑73 (MQ=255) aCTGGCTGGTTTTGCTAAAGCAACTCCCTTCTGGGCTTTCCGGGCTACCACTTTTATTCGATTGCctgggggattg > 2:714010/1‑74 (MQ=255) aCTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCatgggtgatgg < 1:1087080/76‑1 (MQ=255) tggctggTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCatgggtgatgggt < 2:1032893/76‑1 (MQ=255) ggctggTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCatgggtgatgggtg < 1:625308/76‑1 (MQ=255) ctggTTTGTCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCATGGGTGATGGGTGtt < 2:129573/76‑1 (MQ=255) ggTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCATGGGTGATGGGTGttcc > 2:1427995/1‑76 (MQ=255) gTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCATGGGTGATGGGTGttcct < 1:1180759/76‑1 (MQ=255) tttGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCATGGGTGATGGGTGttcctt < 1:1345503/76‑1 (MQ=255) tttGGCTACAGCATCCCCTTCCAGGGCATCCTAGGCTACATCTTCTATCCGATTGCATGGGTGATGGGTGttcctt < 2:70297/76‑1 (MQ=255) | GCCGCGATGCTGATCGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGGCATCCTGGGCTACATCTTCTATCCGATTGCATGGGTGATGGGTGTTCCTT > REL606/2448026‑2448173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |