| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,163,452 | A→G | D866G (GAT→GGT) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,163,452 | 0 | A | G | 90.4% | 179.5 / 6.9 | 52 | D866G (GAT→GGT) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/4); new base G (28/19); total (29/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACACCAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTTACG > REL606/4163379‑4163519 | gACACCAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTg > 1:900456/1‑76 (MQ=255)gACACCAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATg < 2:1181773/76‑1 (MQ=255) ccAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATc < 2:375291/76‑1 (MQ=255) cAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATcc < 1:1473659/76‑1 (MQ=255) cAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATcc > 1:31169/1‑76 (MQ=255) cAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATcc < 2:1178167/76‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGt < 1:1227433/76‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGt < 1:1700808/76‑1 (MQ=255) cTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTa > 2:750024/1‑76 (MQ=255) cTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTa > 2:1410668/1‑76 (MQ=255) cTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTa > 2:449877/1‑76 (MQ=255) tGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTAt < 2:961875/76‑1 (MQ=255) tGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTAt > 2:1769720/1‑76 (MQ=255) gggCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCg < 2:1320575/76‑1 (MQ=255) ccAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGttt < 2:1026633/76‑1 (MQ=255) agaagaGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTtat > 1:166940/1‑76 (MQ=255) gaagaGATCCCCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTtata < 2:286158/76‑1 (MQ=255) aagaGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTatat > 1:1488/1‑76 (MQ=255) aagaGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTatat > 2:159985/1‑76 (MQ=255) aagaGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTatat < 2:692699/76‑1 (MQ=255) agaTCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTgg < 1:504651/76‑1 (MQ=255) agaTCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTgg > 1:1253627/1‑76 (MQ=255) gCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAg < 1:532484/76‑1 (MQ=255) cTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGt > 1:1800707/1‑76 (MQ=255) gACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGa > 2:759457/1‑76 (MQ=255) gACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGa > 1:1120723/1‑76 (MQ=255) gACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGa > 2:1512017/1‑76 (MQ=255) aCATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGAc < 2:684856/76‑1 (MQ=255) tCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCgg > 1:579339/1‑76 (MQ=255) cccGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGt > 1:804897/1‑76 (MQ=255) cccGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGt > 1:1232927/1‑76 (MQ=255) cccGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGt < 2:1658421/76‑1 (MQ=255) ccGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTg < 2:707829/76‑1 (MQ=255) aaCGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCg > 2:1312580/1‑76 (MQ=255) gTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACa > 2:776207/1‑76 (MQ=255) tGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACAt > 1:1643556/1‑76 (MQ=255) gggTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACAtt > 2:1360635/1‑76 (MQ=255) gTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCt > 2:555719/1‑76 (MQ=255) gTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCt < 2:166940/76‑1 (MQ=255) gTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCt < 2:1421103/76‑1 (MQ=255) tGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCtg < 2:1281355/76‑1 (MQ=255) aaGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCtggt > 2:1257864/1‑76 (MQ=255) aGCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCtggtt < 1:413941/76‑1 (MQ=255) gCTGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCtggttg < 2:181441/76‑1 (MQ=255) tGCGCTCTCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCtggttggt > 1:1411611/1‑76 (MQ=255) ctctCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAgg > 2:465449/1‑76 (MQ=255) ctctCCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAgg > 1:566058/1‑76 (MQ=255) tctcCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGt > 1:43650/1‑76 (MQ=255) tctcCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGt > 2:1357194/1‑76 (MQ=255) ctcCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGtt > 1:1387531/1‑76 (MQ=255) ctcCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGtt > 1:1306963/1‑76 (MQ=255) ctcCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGtt < 1:1090539/76‑1 (MQ=255) tcCAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTTa < 2:1485949/76‑1 (MQ=255) cAAACTGGGTGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTTACg < 2:649514/76‑1 (MQ=255) | GACACCAAGCTGGGGCCAGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTTATATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTTACG > REL606/4163379‑4163519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |