| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,886,235 | C→A | intergenic (‑65/+604) | yobF ← / ← yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,886,235 | 0 | C | A | 94.7% | 268.4 / 4.5 | 76 | intergenic (‑65/+604) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (38/34); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGCACACTTATGCAAC > REL606/1886163‑1886307 | ccACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAAtt > 1:150258/1‑76 (MQ=255)ccACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAAtt > 1:1433806/1‑76 (MQ=255) acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTa < 2:1352265/76‑1 (MQ=255) caTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTaa < 1:850277/76‑1 (MQ=255) aTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTaaa > 1:1165746/1‑76 (MQ=255) aTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTaaa < 1:665589/76‑1 (MQ=255) tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAAc > 2:1390804/1‑76 (MQ=255) tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAAc > 2:635862/1‑76 (MQ=255) aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACa > 2:293763/1‑76 (MQ=255) aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACa < 2:373861/76‑1 (MQ=255) aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACAt > 2:1771103/1‑76 (MQ=255) aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACAt < 2:403365/76‑1 (MQ=255) aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTAAGGCAAGCAATTTTTAAACAt < 2:403369/76‑1 (MQ=255) cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGt > 2:1268294/1‑76 (MQ=255) aGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGtc > 1:1440871/1‑76 (MQ=255) aGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGtc > 2:1570474/1‑76 (MQ=255) gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGtct < 1:639803/76‑1 (MQ=255) gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGtct < 1:1792132/76‑1 (MQ=255) aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGtctc < 2:517532/76‑1 (MQ=255) aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGtctc < 2:517541/76‑1 (MQ=255) aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGtctc > 1:65322/1‑76 (MQ=255) aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCg < 1:1720031/76‑1 (MQ=255) tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACCTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt < 1:1224757/76‑1 (MQ=255) gTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATc < 1:482284/76‑1 (MQ=255) gTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATc < 1:1728968/76‑1 (MQ=255) gTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATc > 2:1071954/1‑76 (MQ=255) tACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACCACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTACACATGTCTCGATCa > 2:331944/1‑76 (MQ=255) tACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCa < 1:1271931/76‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 1:1427675/76‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAg > 1:174497/1‑76 (MQ=255) ccTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa < 2:250638/76‑1 (MQ=255) ccTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa < 2:450960/76‑1 (MQ=255) ccTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa > 1:276442/1‑76 (MQ=255) cTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACAt < 2:775071/63‑1 (MQ=255) cTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACAt > 1:775071/1‑63 (MQ=255) tCGTTTAACCCGAGATCTGTTGTCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg < 2:1593822/76‑1 (MQ=255) gTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGca > 1:458735/1‑76 (MQ=255) tttAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcac > 2:1473577/1‑76 (MQ=255) tttAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcac > 2:1344782/1‑76 (MQ=255) ttAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcaca > 1:1075880/1‑76 (MQ=255) tAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa > 2:1754709/1‑76 (MQ=255) aCCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAt < 1:994647/76‑1 (MQ=255) gAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg > 2:1601069/1‑76 (MQ=255) gAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg < 1:1268294/76‑1 (MQ=255) gAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg < 1:850282/76‑1 (MQ=255) aaTCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt > 2:27653/1‑76 (MQ=255) aTCTGTTATCACATGCAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa < 2:332931/76‑1 (MQ=255) aTCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 2:886140/1‑76 (MQ=255) tCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAc > 2:1139441/1‑76 (MQ=255) gTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTc > 1:1704654/1‑76 (MQ=255) gTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTc > 1:1704666/1‑76 (MQ=255) ttATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCt > 2:24654/1‑76 (MQ=255) tATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCtt > 2:234217/1‑76 (MQ=255) cacaTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGTCGCACAAATCTCGATACGTCTTCCa < 1:1290444/76‑1 (MQ=255) cacaTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCa < 1:1290449/76‑1 (MQ=255) acaTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCAc > 2:1602606/1‑76 (MQ=255) caTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACt < 1:1008033/76‑1 (MQ=255) caTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTCTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACt < 1:1008052/76‑1 (MQ=255) aTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACtt > 2:643451/1‑76 (MQ=255) aTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACtt < 1:924759/76‑1 (MQ=255) aTACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACtt < 1:924745/76‑1 (MQ=255) tACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACttt > 2:1229815/1‑76 (MQ=255) tACAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACttt < 1:44748/76‑1 (MQ=255) cAACGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACttttt > 1:288530/1‑76 (MQ=255) aCGTTAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACttttttt > 2:1885479/1‑76 (MQ=255) tAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGcac > 1:1606798/1‑76 (MQ=255) tAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGcac > 1:1406565/1‑76 (MQ=255) tAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGcac < 1:624018/76‑1 (MQ=255) tAATTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGcac < 1:1904876/76‑1 (MQ=255) aaTTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGcaca < 1:710218/76‑1 (MQ=255) aaTTATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGcaca > 1:1116018/1‑76 (MQ=255) ttATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGCACACt > 2:413774/1‑76 (MQ=255) ttATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGCACACt > 2:207736/1‑76 (MQ=255) tATGGCAAGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGTACACtt < 1:1602606/76‑1 (MQ=255) aaGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGCACACTTATGCaa > 1:1549697/1‑76 (MQ=255) aGCAATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGCACACTTATGCAAc < 1:522894/76‑1 (MQ=255) | CCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATACGTCTTCCACTTTTTTTGCACACTTATGCAAC > REL606/1886163‑1886307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |