| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 2037859 | 91 (1.520) | 12 (0.210) | 5/144 | 6.9 | 14.0% | coding (272/1176 nt) | wzy | O antigen polymerase (Wzy) |
| ? | REL606 | = 2038290 | 60 (1.040) | coding (659/822 nt) | wbbB | putative glycosyltransferase WbbB | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTCCGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCA > REL606/2037787‑2037931 | cctccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACaaa > 1:1661098/1‑76 (MQ=255)cctccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACaaa < 1:1392012/76‑1 (MQ=255) ctccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAAt < 1:1589086/76‑1 (MQ=255) ctccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAAt > 1:1236983/1‑76 (MQ=255) tccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAAtt < 1:167342/76‑1 (MQ=255) tccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAAtt < 2:476262/76‑1 (MQ=255) ccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTa < 2:1194167/76‑1 (MQ=255) ccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTa < 2:1194163/76‑1 (MQ=255) ccgcGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAACTa < 2:1194176/76‑1 (MQ=255) cgcTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaaaa > 1:1463508/1‑76 (MQ=255) gcTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaaaaa < 1:1074591/76‑1 (MQ=255) gcTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTaaaaa > 2:605950/1‑76 (MQ=255) cATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAAt < 1:431434/76‑1 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg > 1:580986/1‑76 (MQ=255) ttattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATgg > 1:328372/1‑76 (MQ=255) tattaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAAC‑AATTAAAAAAATGGCg < 1:394356/76‑1 (MQ=255) attaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCg > 1:1873844/1‑76 (MQ=255) attaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCg < 1:394374/76‑1 (MQ=255) ttaCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGa > 2:73179/1‑76 (MQ=255) aCCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATc > 1:836379/1‑76 (MQ=255) ccAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCg < 1:63244/76‑1 (MQ=255) aGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGt > 1:1618504/1‑76 (MQ=255) aGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGt > 2:1380837/1‑76 (MQ=255) aacaaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTcta > 1:1605215/1‑76 (MQ=255) aacaaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTcta < 2:64748/76‑1 (MQ=255) caaATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctact < 2:982607/76‑1 (MQ=255) aaaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctacta < 2:1048386/76‑1 (MQ=255) aaaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTctacta > 2:658148/1‑76 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAACAAAATGGCGATCGGTCTACTAt > 1:354237/1‑76 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAt < 1:1765779/76‑1 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAt < 2:1658068/76‑1 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAt > 1:547697/1‑76 (MQ=255) aaTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAt > 1:354244/1‑76 (MQ=255) aTAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTAtt > 1:525876/1‑76 (MQ=255) aaGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAg > 1:1638422/1‑76 (MQ=255) gCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAACCAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGaa > 1:87877/1‑76 (MQ=255) gCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGaa < 2:1424817/76‑1 (MQ=255) gCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGaa > 1:87874/1‑76 (MQ=255) gCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGaa < 2:44272/76‑1 (MQ=255) ccTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAAt < 2:328372/76‑1 (MQ=255) cTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATc > 2:1494174/1‑76 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa < 1:20238/76‑1 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa > 1:1736592/1‑76 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa > 1:1736591/1‑76 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa < 1:20226/76‑1 (MQ=255) tGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCa > 1:1736582/1‑76 (MQ=255) tATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGc > 1:1209432/1‑76 (MQ=255) ttAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTa > 1:427724/1‑76 (MQ=255) tAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTaa > 1:1159709/1‑76 (MQ=255) tAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTaa > 1:1159729/1‑76 (MQ=255) tAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGAGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTaa > 1:1188342/1‑76 (MQ=255) aaTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtt > 1:1450277/1‑76 (MQ=255) aaTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtt > 1:160142/1‑76 (MQ=255) aTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAttt > 1:505759/1‑76 (MQ=255) aTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAttt > 1:930504/1‑76 (MQ=255) aTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAttt > 1:930495/1‑76 (MQ=255) aTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCACCTAGttt > 1:985051/1‑76 (MQ=255) aTACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCACATAAttt > 1:985036/1‑76 (MQ=255) tACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAAtttt > 1:433432/1‑76 (MQ=255) gTATGTTATATATAATAATTTTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgtt < 1:1214154/76‑1 (MQ=255) gTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgtt < 1:1403643/76‑1 (MQ=255) gTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgtt < 1:420933/76‑1 (MQ=255) tATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgttg > 1:1791127/1‑76 (MQ=255) tATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTttgttg > 2:224176/1‑76 (MQ=255) aTGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTtgttgt > 1:859553/1‑76 (MQ=255) tGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTa > 1:1476247/1‑76 (MQ=255) tGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTa > 1:1162979/1‑76 (MQ=255) tGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTa > 1:1162981/1‑76 (MQ=255) tGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTa < 2:1115853/76‑1 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 1:1426628/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 1:1426643/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 1:562409/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAg > 2:453792/1‑76 (MQ=255) ttATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTATAAg > 1:1086668/1‑76 (MQ=255) tatatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGt > 1:922122/1‑76 (MQ=255) tatatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGt > 2:459353/1‑76 (MQ=255) atatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTg > 1:143556/1‑76 (MQ=255) atatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTg > 1:343220/1‑76 (MQ=255) tatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTgg < 2:1665608/76‑1 (MQ=255) tatataATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTgg < 2:1665633/76‑1 (MQ=255) ataataATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGttt > 1:1597142/1‑76 (MQ=255) acataatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCGGCTAATTTTGTTGTAAGTGGtttt > 2:1381810/3‑76 (MQ=255) acataatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGtttt > 2:1381816/3‑76 (MQ=255) acataatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGtttt > 2:1381825/3‑76 (MQ=255) taatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTAtt > 2:426611/1‑76 (MQ=255) aatTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTAttt > 1:478713/1‑76 (MQ=255) atTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTAtttt < 2:1749943/76‑1 (MQ=255) cTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTc > 1:869435/1‑76 (MQ=255) aaaCAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCa < 1:67106/76‑1 (MQ=255) aaaCAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCa < 1:440269/76‑1 (MQ=255) aaaCAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCa < 1:16835/76‑1 (MQ=255) | CCTCCGCGCTCATTATTACCAGCAACAAATAAGCCTGTATTAAATACGTATGTTATATATAATAATTCTAAACAAATTAAAAAAATGGCGATCGGTCTACTATTAGAATCAGCTAATTTTGTTGTAAGTGGTTTTATTTTTTCCA > REL606/2037787‑2037931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |