| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,613,023 | A→C | intergenic (‑84/+99) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,613,023 | 0 | A | C | 93.4% | 313.6 / 6.8 | 76 | intergenic (‑84/+99) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/4); new base C (32/39); total (33/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
AGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTT > REL606/3612952‑3613095 | aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATg < 1:1764930/76‑1 (MQ=255)aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATg < 1:1764914/76‑1 (MQ=255)aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATg < 1:493924/76‑1 (MQ=255)aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATg > 2:1162372/1‑76 (MQ=255) gTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGt > 1:147808/1‑76 (MQ=255) aaaaCCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTAc < 1:64517/76‑1 (MQ=255) aCCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTg > 1:391142/1‑76 (MQ=255) aCCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTg > 1:892851/1‑76 (MQ=255) ccACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCTTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTgg < 1:108004/76‑1 (MQ=255) ccACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTgg < 1:370812/76‑1 (MQ=255) acaGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGAt < 1:1364293/76‑1 (MQ=255) acaGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGAt > 2:1668303/1‑76 (MQ=255) caGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATc > 1:1890498/1‑76 (MQ=255) aGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCa < 2:1873653/76‑1 (MQ=255) aGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCa > 2:615453/1‑76 (MQ=255) gATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCAt < 1:1450/76‑1 (MQ=255) gATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCAt < 1:1483471/76‑1 (MQ=255) gATCTTGTAAGATTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAt < 2:401215/76‑1 (MQ=255) tCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATaa > 1:351211/1‑76 (MQ=255) cTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAAt < 1:896854/76‑1 (MQ=255) ttGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAAtt < 2:1363176/76‑1 (MQ=255) ttGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAAtt < 2:521133/76‑1 (MQ=255) tGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTg > 1:695396/1‑76 (MQ=255) tGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTg < 2:970058/76‑1 (MQ=255) tGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTg < 2:970073/76‑1 (MQ=255) gTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGa < 2:808241/76‑1 (MQ=255) gTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGa > 2:478477/1‑76 (MQ=255) 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1:1162372/76‑1 (MQ=255) gTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTCCCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTa < 2:1219260/76‑1 (MQ=255) gTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTa > 2:775776/1‑76 (MQ=255) tACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTaa < 2:1458420/76‑1 (MQ=255) aCCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTaaa > 2:1743435/1‑76 (MQ=255) cTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTaaaaa > 2:627710/1‑76 (MQ=255) cGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGtt > 2:171916/1‑76 (MQ=255) ggCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGttt > 1:1266692/1‑76 (MQ=255) ggCCTTAAAATAACACACAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGttt < 2:548621/76‑1 (MQ=255) gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTg < 1:145029/76‑1 (MQ=255) gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTg < 2:134789/76‑1 (MQ=255) cTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAg < 2:282207/76‑1 (MQ=255) ttAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGc > 1:13635/1‑76 (MQ=255) tAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCt < 2:311241/76‑1 (MQ=255) tAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCt > 1:705702/1‑76 (MQ=255) aaaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTg < 2:1890498/76‑1 (MQ=255) aaaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTg < 1:855738/76‑1 (MQ=255) aaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTgg > 2:1374700/1‑76 (MQ=255) aaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTgg < 2:1308598/76‑1 (MQ=255) tAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTc > 1:1158791/1‑76 (MQ=255) acCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGcac < 1:1268630/76‑1 (MQ=255) acCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGcac < 1:27424/76‑1 (MQ=255) aGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAc > 2:187858/1‑76 (MQ=255) gACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAcc < 2:161957/76‑1 (MQ=255) gACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAcc < 2:608701/76‑1 (MQ=255) gACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAcc < 2:1638115/76‑1 (MQ=255) acaacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCa < 2:584640/76‑1 (MQ=255) acaacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCa < 2:1869776/76‑1 (MQ=255) acaacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCa > 2:1456872/1‑76 (MQ=255) caacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAg < 1:1785958/76‑1 (MQ=255) caacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAg < 1:1825127/76‑1 (MQ=255) acaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCa < 1:628511/76‑1 (MQ=255) acaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCa > 1:1776228/1‑76 (MQ=255) caTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCAc > 2:1609846/1‑76 (MQ=255) caTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCAc > 2:661994/1‑76 (MQ=255) caTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCAc > 2:1558435/1‑76 (MQ=255) cacaGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttt < 1:1185365/76‑1 (MQ=255) acaGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACtttt < 2:1750525/76‑1 (MQ=255) caGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttttt > 2:575984/1‑76 (MQ=255) caGCAATGTACCTGGATCATAATTCAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttttt > 1:1597173/1‑76 (MQ=255) | AGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTT > REL606/3612952‑3613095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |