| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,000,295 | 0 | T | G | 40.4% | 63.5 / 19.6 | 48 | G533G (GGT→GGG) | ubiB | putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/19); new base G (19/0); total (29/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTAGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTAAC > REL606/4000221‑4000368 | ttAGTATTAAGTGGCACATTCTGGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggtg < 2:318021/76‑1 (MQ=255) tAGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggggg > 2:56304/1‑76 (MQ=255) aGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggtggt < 1:1496394/76‑1 (MQ=255) aGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggtggt < 1:62437/76‑1 (MQ=255) aGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAgggggt > 1:1677465/1‑76 (MQ=255) aGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAgggggg > 1:377888/1‑75 (MQ=255) aGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAgggggg > 1:1436455/1‑75 (MQ=255) aGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAgggggg > 1:1337477/1‑75 (MQ=255) tATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCt < 1:699560/76‑1 (MQ=255) tAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGag > 1:633479/1‑75 (MQ=255) tAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGAt > 1:1424745/1‑76 (MQ=255) tAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGAt > 2:783831/1‑76 (MQ=255) tAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGAt > 2:783846/1‑76 (MQ=255) aaGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGGTc > 2:1348415/1‑76 (MQ=255) ggCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCt < 2:1203975/76‑1 (MQ=255) gCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTg > 1:1286575/1‑76 (MQ=255) cacaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTgg > 2:1640115/1‑76 (MQ=255) cacaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGCGGGCTGATTCCCTgg > 1:443869/1‑76 (MQ=255) caTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGtt < 2:1377983/76‑1 (MQ=255) caTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGtt > 1:1647795/1‑76 (MQ=255) aTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGGCTGATCGCCTGGttt > 2:970185/1‑76 (MQ=255) aTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGttt > 2:647708/1‑76 (MQ=255) ttCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTg < 2:1187390/76‑1 (MQ=255) ttCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTg > 1:17904/1‑76 (MQ=255) ttgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCg < 1:1174729/76‑1 (MQ=255) ttgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCg > 2:922226/1‑76 (MQ=255) tgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGGCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCgg < 2:872251/76‑1 (MQ=255) tgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCgg < 1:135141/76‑1 (MQ=255) tgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGGTTGTCgg > 2:1740586/1‑76 (MQ=255) gttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCGGt > 1:1663636/1‑76 (MQ=255) ttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGtt < 2:954597/76‑1 (MQ=255) ttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGtt < 1:314243/76‑1 (MQ=255) tgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTg < 1:1043477/76‑1 (MQ=255) tgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTg < 2:1843528/76‑1 (MQ=255) ggTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTgg > 1:1469053/1‑76 (MQ=255) ggTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGAGGGCTGAGCGCCTTGTTTGTCGGTTgg > 1:1586419/1‑76 (MQ=255) gTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGgc > 2:1062568/1‑76 (MQ=255) gAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGGTTGTCGGTTGGCGCAAAACAAGCt > 1:933025/1‑76 (MQ=255) gAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCt > 1:1698584/1‑76 (MQ=255) aaTGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGGAAAACACGCTg > 2:1223161/1‑76 (MQ=255) tGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGAt > 2:1134509/1‑76 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGAtt < 2:1721099/76‑1 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGGTTGTGGGGTGGGGCAAAAAACGCGGAtt > 1:658816/1‑76 (MQ=255) tGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCa > 1:301937/1‑76 (MQ=255) tGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCa > 1:1437391/1‑76 (MQ=255) cGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAAAACGCTGATTTTTTTATCTCTCa > 2:1434457/1‑76 (MQ=255) gCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCCAg > 1:1442158/1‑76 (MQ=255) cTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGGGCAAAAAACGCTGATTTTTTCATCGCTCCAgg > 2:372043/1‑76 (MQ=255) cTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGGTGGTTTTTTTATCGCTCAAgg > 2:238366/1‑76 (MQ=255) tGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGc > 2:185441/1‑76 (MQ=255) ggTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCg > 2:574446/1‑76 (MQ=255) ggTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCg < 2:387877/76‑1 (MQ=255) gTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCgg < 2:436456/76‑1 (MQ=255) aTGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCg < 2:664042/76‑1 (MQ=255) ggCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCgtg < 2:803837/76‑1 (MQ=255) gCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCgtgt < 1:1373351/76‑1 (MQ=255) cAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTa > 2:739343/1‑76 (MQ=255) cAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTa < 1:764413/76‑1 (MQ=255) cggtggtCTGAGCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTaa < 2:861160/75‑1 (MQ=255) aGGTGGTCTGGTCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTaa < 2:861148/76‑1 (MQ=255) aGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTaa > 2:1659445/1‑76 (MQ=255) aGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTaa < 2:1618686/76‑1 (MQ=255) ggtggtCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTAAc < 1:1114527/76‑1 (MQ=255) | TTAGTATTAAGTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGGGCCGTGTAAC > REL606/4000221‑4000368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |