New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2041277 = | 34 (0.620) | 7 (0.140) | 7/136 | 5.0 | 13.9% | coding (107/1113 nt) | vioA | VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
? | REL606 | 2041470 = | 56 (1.130) | coding (1351/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAA > REL606/2041395‑2041545 | aTTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGc < 1:880230/76‑1 (MQ=255) aTTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGc < 1:880213/76‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 1:1323043/76‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 1:1480841/76‑1 (MQ=255) ttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCAt < 1:681911/76‑1 (MQ=255) ttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCAttt > 2:969764/1‑76 (MQ=255) tttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTta < 1:1025875/76‑1 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa > 1:1065839/1‑76 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa < 1:811202/76‑1 (MQ=255) tataAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaat < 1:191427/76‑1 (MQ=255) tataAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaat < 1:1432035/76‑1 (MQ=255) gtaAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaata > 2:314672/2‑76 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 1:1048652/76‑1 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 1:832323/76‑1 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 1:465283/76‑1 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATa > 2:1143902/1‑76 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATa < 1:309228/76‑1 (MQ=255) aaaTAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGt < 1:1404276/76‑1 (MQ=255) ataataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTaa < 1:1565181/76‑1 (MQ=255) ataataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTaa > 2:1661893/1‑76 (MQ=255) taataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTaaa > 2:1024962/1‑76 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat < 1:24023/76‑1 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat < 1:944486/76‑1 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat < 1:1252884/76‑1 (MQ=255) taGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatat < 1:1207901/76‑1 (MQ=255) taGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatat < 1:501473/76‑1 (MQ=255) gTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatta < 1:1631235/76‑1 (MQ=255) gTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatta > 1:358756/1‑76 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat < 2:1132744/76‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat < 1:852841/76‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat < 1:1369907/76‑1 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata < 2:886280/76‑1 (MQ=255) aaaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAttt < 1:302102/76‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGGATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTta < 1:206642/76‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGGATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTta < 1:206659/76‑1 (MQ=255) atatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaa < 1:649908/76‑1 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat < 1:50773/76‑1 (MQ=255) tttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaataa < 2:1350293/76‑1 (MQ=255) tttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaataa < 1:882581/76‑1 (MQ=255) ttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATaaa < 1:709712/76‑1 (MQ=255) ttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATaaa > 1:1237674/1‑76 (MQ=255) tGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTc < 1:1546099/76‑1 (MQ=255) gTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTcc < 2:1132172/76‑1 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt < 1:48206/76‑1 (MQ=255) cATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATa > 1:733929/1‑76 (MQ=255) cATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATa < 1:133082/76‑1 (MQ=255) cATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATa < 1:1390996/76‑1 (MQ=255) aTAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATAc > 2:397786/1‑76 (MQ=255) aaTTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACtt < 1:788467/76‑1 (MQ=255) ttCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAt > 1:1141135/1‑76 (MQ=255) tCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTAtt < 1:28148/76‑1 (MQ=255) gAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTc < 1:490474/76‑1 (MQ=255) tAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCAttt < 1:1362683/76‑1 (MQ=255) tGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAAtata > 2:1148737/1‑76 (MQ=255) tGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAAtata > 2:1518614/1‑76 (MQ=255) tatataATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGt < 2:1274211/76‑1 (MQ=255) aaTGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGaa < 1:1578294/76‑1 (MQ=255) ggCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCt > 1:1673396/1‑76 (MQ=255) cATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTaa < 2:1321906/76‑1 (MQ=255) cATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTaa < 2:1696174/76‑1 (MQ=255) | ATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCTAA > REL606/2041395‑2041545 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |